PDB-3r7d: Crystal Structure of Unliganded Aspartate Transcarbamoylase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r7d

タイトル

Crystal Structure of Unliganded Aspartate Transcarbamoylase from Bacillus subtilis

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate Transcarbamoylase / Catalytic Cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.196 Å

データ登録者

Puleo, D.E. / Harris, K.M. / Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystallographic Snapshots of the Complete Catalytic Cycle of the Unregulated Aspartate Transcarbamoylase from Bacillus subtilis.
著者: Harris, K.M. / Cockrell, G.M. / Puleo, D.E. / Kantrowitz, E.R.

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r7d.cif.gz	195.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r7d.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r7fC 3r7lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r7f-d 3e2p-3 4oh7-2 5g1o-2 6jl4-1 6jkt-2 5nnn-1 5nnq-1 6jks-2 2at2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

103 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	253.470, 153.016, 51.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.930, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-324- HOH

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase 分子量: 34266.691 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: pyrB, BSU15490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05654, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.31 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 98205 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.196-2.28	6.8	0.519	9793	0.909	1	99.8
2.28-2.37	6.9	0.426	9745	0.913	1	99.8
2.37-2.48	7	0.33	9806	0.906	1	99.9
2.48-2.61	7.1	0.265	9779	0.915	1	99.9
2.61-2.77	7.1	0.196	9785	0.915	1	99.9
2.77-2.99	7.2	0.145	9844	0.922	1	100
2.99-3.29	7.4	0.101	9831	0.926	1	100
3.29-3.76	7.6	0.076	9808	1.02	1	100
3.76-4.74	7.5	0.058	9879	0.961	1	100
4.74-50	7.5	0.047	9935	0.766	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	dev_625	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.196→49.173 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8824 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	4901	4.99 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.169	98154	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.461 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 161 Å² / B_iso mean: 45.4147 Å² / B_iso min: 18.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.5598 Å²	-0 Å²	-1.234 Å²
2-	-	-12.1588 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.599 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.196→49.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6897	0	30	583	7510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	9601
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.872	2688

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.196-2.2205	0.2527	164	0.217	2968	3132	94
2.2205-2.2466	0.2245	161	0.2083	3023	3184	100
2.2466-2.274	0.2421	162	0.2115	3107	3269	100
2.274-2.3028	0.2521	157	0.2036	3122	3279	100
2.3028-2.3331	0.2355	160	0.1959	3125	3285	100
2.3331-2.365	0.2414	156	0.1864	3052	3208	100
2.365-2.3988	0.2077	170	0.1837	3077	3247	100
2.3988-2.4346	0.2071	176	0.1815	3166	3342	100
2.4346-2.4727	0.2115	160	0.1783	3052	3212	100
2.4727-2.5132	0.1873	175	0.1832	3114	3289	100
2.5132-2.5565	0.2112	156	0.175	3164	3320	100
2.5565-2.603	0.2179	165	0.1714	3037	3202	100
2.603-2.6531	0.1956	144	0.1703	3129	3273	100
2.6531-2.7072	0.204	169	0.1748	3137	3306	100
2.7072-2.7661	0.2421	155	0.1812	3058	3213	100
2.7661-2.8304	0.2158	182	0.1813	3150	3332	100
2.8304-2.9012	0.1805	142	0.1759	3124	3266	100
2.9012-2.9796	0.2236	171	0.1807	3098	3269	100
2.9796-3.0673	0.2273	166	0.1796	3092	3258	100
3.0673-3.1663	0.2096	181	0.1762	3148	3329	100
3.1663-3.2794	0.1876	159	0.1768	3086	3245	100
3.2794-3.4107	0.2222	158	0.1716	3140	3298	100
3.4107-3.5659	0.177	171	0.1602	3087	3258	100
3.5659-3.7538	0.1993	179	0.1537	3117	3296	100
3.7538-3.9889	0.1706	156	0.1473	3142	3298	100
3.9889-4.2968	0.1586	152	0.1309	3138	3290	100
4.2968-4.7288	0.1465	139	0.124	3163	3302	100
4.7288-5.4124	0.1708	184	0.1525	3099	3283	100
5.4124-6.8161	0.2186	159	0.2011	3144	3303	100
6.8161-49.1852	0.1786	172	0.1795	3194	3366	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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