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万見
- PDB-3r75: Crystal structure of 2-amino-2-desoxyisochorismate synthase (ADIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r75
タイトルCrystal structure of 2-amino-2-desoxyisochorismate synthase (ADIC) synthase PhzE from Burkholderia lata 383 in complex with benzoate, pyruvate, glutamine and contaminating Zn2+
要素Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
キーワードLYASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN / ammonia channel / chorismate / type 1 glutamine amidotransferase / phenazine biosynthesis / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate synthase / anthranilate synthase activity / biosynthetic process / glutamine metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthranilate synthase/para-aminobenzoate synthase like domain / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. ...Anthranilate synthase/para-aminobenzoate synthase like domain / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / PHOSPHATE ION / PYRUVIC ACID / anthranilate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, Q.A. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Roessle, M. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Ligand Binding Induces an Ammonia Channel in 2-Amino-2-desoxyisochorismate (ADIC) Synthase PhzE.
著者: Li, Q.A. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Roessle, M. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
B: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,39913
ポリマ－140,5852
非ポリマー81411
水14,196788
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area45220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.710, 94.512, 53.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I


分子量: 70292.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia sp. (バクテリア) / 株: 383 / 遺伝子: Bcep18194_B1570 / プラスミド: pET19modTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q396C7, anthranilate synthase

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非ポリマー , 6種, 799分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M Mg-chloride, 22% isopropanol, pre-incubation on ice for 30' with 50 mM Mg-chloride, 20 mM glutamine, 20 mM chorismate, streak-seeding, pH 7.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 276K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日 / 詳細: SI(111)
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.625 Å / Num. obs: 77637 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.509 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.1-2.20.2353.74415791902798.3
2.2-2.30.1874.75350091590998.6
2.3-2.40.1515.74295931336198.8
2.4-2.50.1266.9252261136899
2.5-2.60.1038.2421558971599
2.6-30.07211.33603502709199
3-40.03919.49643862897098.4
4-60.02926.13332041476297.3
6-80.02527.038076355596.9
8-120.02231.314098181496.1
12-160.02231.3798044495.5
16-180.02232.225810796.4
18-200.02429.52884790.4
20

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0077精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.625 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 8.255 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 3934 5.1 %RANDOM
Rwork0.1468 73703 --
obs0.1495 77637 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.08 Å2 / Biso mean: 40.0817 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9460 0 45 788 10293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0219933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.96113547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4413.00116225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52551314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16322.56461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.802151583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.92215106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02111377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022115
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 282 -
Rwork0.175 5374 -
all-5656 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96140.35730.33781.06320.25320.61870.0317-0.0578-0.08390.0927-0.0173-0.09270.00790.0432-0.01440.0814-0.0064-0.01660.07540.01290.013721.900332.660934.0113
21.2135-0.0135-0.29240.71650.15420.85480.04740.08650.18150.04230.02760.0121-0.0355-0.0612-0.0750.038-0.004-0.010.01720.02950.056860.268254.732610.9428
34.45540.8694-0.05632.2202-0.14711.7047-0.0764-0.3846-0.42480.16790.0603-0.17510.1517-0.11260.01610.12330.0259-0.02370.06840.03890.061573.693334.958915.717
43.34210.6932-0.20341.195-0.12161.2131-0.22120.28980.2462-0.20340.20150.1581-0.10320.04060.01960.1927-0.0552-0.04920.12880.02960.032712.386236.04911.5989
51.79670.023-0.57510.836-0.08871.23430.01680.08590.0598-0.0631-0.0329-0.2336-0.00560.03040.01610.01140.00850.02210.01310.01820.111391.560645.284-5.7563
61.43620.55620.27011.48020.08380.51950.0012-0.036-0.0171-0.0484-0.00990.22850.0189-0.06740.00860.0498-0.027-0.03090.02260.00890.0618-8.754316.650622.425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 397
2X-RAY DIFFRACTION1A700 - 702
3X-RAY DIFFRACTION1A900
4X-RAY DIFFRACTION2B7 - 397
5X-RAY DIFFRACTION2B700 - 702
6X-RAY DIFFRACTION2B900
7X-RAY DIFFRACTION3A398 - 431
8X-RAY DIFFRACTION4B398 - 431
9X-RAY DIFFRACTION5A442 - 636
10X-RAY DIFFRACTION6B440 - 636

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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