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- PDB-3r6w: paAzoR1 binding to nitrofurazone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r6w
タイトルpaAzoR1 binding to nitrofurazone
要素FMN-dependent NADH-azoreductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / azoreductase / nitrofurazone / P. aeruginosa / nitroreductase / short-flavodoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH:quinone reductase activity / FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
: / NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NITROFURAZONE / FMN-dependent NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.085 Å
データ登録者Ryan, A. / Kaplan, K. / Laurieri, N. / Lowe, E. / Sim, E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2011
タイトル: Activation of nitrofurazone by azoreductases: multiple activities in one enzyme.
著者: Ryan, A. / Kaplan, E. / Laurieri, N. / Lowe, E. / Sim, E.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,20414
ポリマ－46,1542
非ポリマー2,05012
水4,936274
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
ヘテロ分子

A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,40828
ポリマ－92,3084
非ポリマー4,09924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area18540 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area32270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.202, 82.202, 108.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-334-

HOH

21B-316-

HOH

31B-343-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FMN-dependent NADH-azoreductase 1 / Azo-dye reductase 1 / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase 1


分子量: 23077.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: paO1 / 遺伝子: azoR1, PA0785 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q9I5F3, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する

-
非ポリマー , 5種, 286分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NFZ / NITROFURAZONE / 5-NITRO-2-FURALDEHYDE SEMICARBAZONE


分子量: 198.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O4 / コメント: 抗生剤, 抗菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.085→27.146 Å / Num. all: 25785 / Num. obs: 25761 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.085-2.145.20.7661927217940.76695.3
2.14-2.25.50.5861.31004318340.586100
2.2-2.265.50.4831.6982018000.483100
2.26-2.335.50.4121.9936217130.41299.9
2.33-2.415.50.3342.3930417020.334100
2.41-2.495.50.2852.8900716430.285100
2.49-2.595.50.2363.3858015720.236100
2.59-2.695.40.1734.6818315030.17399.9
2.69-2.815.40.1375.7786914500.137100
2.81-2.955.40.1047.5773514230.10499.9
2.95-3.115.40.089.7725213330.08100
3.11-3.35.40.05514683612710.055100
3.3-3.525.40.03919.6637511860.039100
3.52-3.815.30.03124.2598111220.031100
3.81-4.175.30.02726.5539410250.02799.9
4.17-4.665.20.02328.448739310.02399.7
4.66-5.3850.0213242348400.02199.7
5.38-6.595.20.02133.437057160.021100
6.59-9.325.10.01639.529565780.01699.8
9.32-27.1464.60.01340.615013250.01396.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_694精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V9C

2v9c


解像度: 2.085→27.146 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8925 / SU ML: 0.64 / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 1305 5.07 %5% randomly selected data
Rwork0.1607 ---
all0.1629 25726 --
obs0.1629 25726 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.682 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.94 Å2 / Biso mean: 37.2757 Å2 / Biso min: 12.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9589 Å20 Å20 Å2
2---0.9589 Å20 Å2
3---1.9179 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.085→27.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3136 0 137 274 3547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9834590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0841250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.085-2.16850.27061420.21632623276597
2.1685-2.26710.25111300.180926932823100
2.2671-2.38660.21851470.178526812828100
2.3866-2.5360.26381500.171126542804100
2.536-2.73160.21411420.166727302872100
2.7316-3.00620.22971630.157926682831100
3.0062-3.44050.18731540.144327302884100
3.4405-4.33180.1561470.135727552902100
4.3318-27.14850.20171300.171828873017100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.7227 Å / Origin y: -14.4024 Å / Origin z: 29.564 Å
111213212223313233
T0.1405 Å20.0049 Å20.0056 Å2-0.1374 Å2-0.0299 Å2--0.1354 Å2
L1.4304 °20.054 °20.26 °2-0.9707 °20.2921 °2--1.008 °2
S0.0045 Å °0.0924 Å °-0.2426 Å °0.0109 Å °0.0644 Å °0.0501 Å °0.1054 Å °0.0504 Å °-0.0524 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 1213
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 1213
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 214
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 215
6X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 213
7X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 216
8X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 274
9X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 217
10X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 218
11X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 219
12X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 214
13X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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