PDB-3r6v: Crystal structure of aspartase from Bacillus sp. YM55-1 with boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r6v

タイトル

Crystal structure of aspartase from Bacillus sp. YM55-1 with bound L-aspartate

要素

Aspartase

キーワード

LYASE / aspartase / aspartate ammonia lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / aspartate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Fibriansah, G. / Puthan Veetil, V. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.-M.W.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of aspartate ammonia lyase.
著者: Fibriansah, G. / Veetil, V.P. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.M.

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r6v.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r6v.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r6v_validation.pdf.gz	499.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r6v_full_validation.pdf.gz	537.6 KB	表示
XML形式データ	3r6v_validation.xml.gz	121 KB	表示
CIF形式データ	3r6v_validation.cif.gz	169.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r6qC 3r6yC 1j3uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r6q-1 1yfe-1 3oce-d 6p3c-1 6os7-1 1j3u-1 6nzc-1 1jsw-d 1fuo-1 5upp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (9) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartase

B: Aspartase

C: Aspartase

D: Aspartase

E: Aspartase

F: Aspartase

G: Aspartase

H: Aspartase

ヘテロ分子

414 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartase

B: Aspartase

C: Aspartase

D: Aspartase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aspartase

F: Aspartase

G: Aspartase

H: Aspartase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.853, 118.960, 141.414
Angle α, β, γ (deg.)	89.930, 89.930, 76.420
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 400 - 500 / Label seq-ID: 400

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - O
2	E	E - S

#1: タンパク質	Aspartase 分子量: 51694.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: YM55-1 / 遺伝子: aspB / プラスミド: pBAD/Myc-His A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9LCC6, aspartate ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.25 M NaSCN, 10 mM CaCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月28日

放射

モノクロメーター: Diamond (111)and Ge (220) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→141.414 Å / Num. all: 144679 / Num. obs: 144679 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.1 % / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.1 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.6-2.74	0.505	1.5	43899	21005	0.505	97.4
2.74-2.91	0.363	2.1	41865	20021	0.363	97.5
2.91-3.11	0.274	2.8	38967	18663	0.274	97.7
3.11-3.36	0.177	4.4	36462	17452	0.177	97.8
3.36-3.68	0.114	6.8	33692	16138	0.114	98
3.68-4.11	0.073	10.6	30501	14615	0.073	98.2
4.11-4.75	0.045	16.9	26914	12897	0.045	98.3
4.75-5.81	0.046	16.3	22671	10876	0.046	98.5
5.81-8.22	0.039	18.3	17493	8423	0.039	98.6
8.22-48.601	0.022	24.8	9426	4589	0.022	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J3U

1j3u

解像度: 2.6→39.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.306 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2502	7250	5 %	RANDOM
R_work	0.1928	-	-	-
obs	0.1956	144669	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.35 Å² / B_iso mean: 34.5829 Å² / B_iso min: 3.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0.02 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.42 Å²	0.03 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28473	0	22	479	28974

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	28970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	1.966	39204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.083	4.991	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.805	25.538	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.605	15	5204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.665	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	21652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.424	1.5	18324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.82	2	29617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.185	3	10646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.063	4.5	9586

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
252	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
249	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
252	MEDIUM THERMAL	0.05	2
249	LOOSE THERMAL	0.08	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	537	-
R_work	0.295	10089	-
all	-	10626	-
obs	-	-	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1408	0.0326	-0.0025	0.0948	0.0066	0.1405	0.0098	0.0074	-0.0007	0.0036	-0.0284	-0.0047	0.0309	-0.0042	0.0186	0.0154	0.0027	0.0037	0.0115	-0.0007	0.0282	-0.0882	0.2579	0.0023
2	0.1455	0.0348	0.0006	0.0924	-0.0149	0.141	0.0099	0.0121	0.006	0.006	-0.0253	0.0003	-0.0293	0.0013	0.0154	0.0142	0.0032	-0.0042	0.0111	0.0006	0.0287	38.1427	49.9874	-70.6814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 462
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	5 - 466
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	5 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	5 - 463
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	469
6	X-RAY DIFFRACTION	2	E	5 - 463
7	X-RAY DIFFRACTION	2	F	5 - 465
8	X-RAY DIFFRACTION	2	G	4 - 466
9	X-RAY DIFFRACTION	2	H	5 - 463
10	X-RAY DIFFRACTION	2	F	469

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