ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
---|
REFMAC | 5.5.0109精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | SBC-Collect | | データ収集 | | HKL-3000 | | データ削減 | | HKL-3000 | | データスケーリング | | HKL-3000 | | 位相決定 | | MLPHARE | | 位相決定 | | 直接法 | | 位相決定 | | SHELXDE | | 位相決定 | | RESOLVE | | 位相決定 | | ARP/wARP | | モデル構築 | | Coot | | モデル構築 | | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→45.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.383 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.1789 | 3087 | 5.1 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.1484 | - | - | - |
---|
all | 0.1499 | 60848 | - | - |
---|
obs | 0.1499 | 60848 | 99.66 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 91.6 Å2 / Biso mean: 18.0427 Å2 / Biso min: 7.27 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 0.14 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | -0.12 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -0.02 Å2 |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→45.76 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 1745 | 0 | 0 | 401 | 2146 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.015 | 0.021 | 1941 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.56 | 1.983 | 2650 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.174 | 5 | 252 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.012 | 24.138 | 87 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg11.755 | 15 | 298 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg22.692 | 15 | 13 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.098 | 0.2 | 293 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.009 | 0.021 | 1505 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.521 | 1.5 | 1200 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it2.303 | 2 | 1968 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it3.144 | 3 | 741 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.557 | 4.5 | 682 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr1.581 | 3 | 1941 | | | | | | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.318 | 246 | - |
---|
Rwork | 0.294 | 4043 | - |
---|
all | - | 4289 | - |
---|
obs | - | 4289 | 96.27 % |
---|
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 0.0754 | 0.0271 | -0.0142 | 0.1038 | 0.0469 | 0.0295 | 0.0001 | -0.0002 | -0.0022 | 0.0123 | 0.0029 | -0.0106 | 0.0015 | 0.0016 | -0.003 | 0.0102 | 0.0009 | -0.0025 | 0.0073 | 0.0003 | 0.0125 | 50.3344 | 52.1975 | 20.1478 | 2 | 0.215 | -0.0911 | 0.0639 | 0.0834 | -0.0173 | 0.0572 | -0.0059 | 0.0246 | 0.0117 | -0.0027 | 0.0018 | -0.0132 | -0.0063 | 0.0048 | 0.0041 | 0.0068 | -0.0022 | -0.0004 | 0.008 | 0.001 | 0.012 | 38.2591 | 54.2825 | 4.0435 | 3 | 0.1528 | -0.131 | 0.0349 | 0.1886 | -0.023 | 0.0143 | -0.0133 | -0.0121 | -0.0127 | 0.0185 | 0.0114 | 0.017 | -0.0019 | -0.0091 | 0.0019 | 0.0069 | 0.0004 | 0.0021 | 0.0097 | 0.0008 | 0.0115 | 28.3985 | 50.6181 | 15.5516 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A-2 - 72 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | A73 - 152 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | A153 - 217 | | | |
|
---|