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万見
- PDB-3r5l: Structure of Ddn, the Deazaflavin-dependent nitroreductase from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5l
タイトルStructure of Ddn, the Deazaflavin-dependent nitroreductase from Mycobacterium tuberculosis involved in bioreductive activation of PA-824
要素Deazaflavin-dependent nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PA-824 / split barrel-like fold / DUF385 / Deazaflavin-dependent nitroreductase / nitroimidazoles
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる / coenzyme F420 binding / 酸化還元酵素 / peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deazaflavin-dependent nitroreductase / Deazaflavin-dependent nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I.M. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. ...Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I.M. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. / Manjunatha, U.H. / Barry, C.E. / Spraggon, G. / Geierstanger, B.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of Ddn, the deazaflavin-dependent nitroreductase from Mycobacterium tuberculosis involved in bioreductive activation of PA-824.
著者: Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. ...著者: Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. / Manjunatha, U.H. / Barry, C.E. / Spraggon, G. / Geierstanger, B.H.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0042
ポリマ－13,8081
非ポリマー1951
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.167, 71.045, 50.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21A-386-

HOH

31A-401-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Deazaflavin-dependent nitroreductase


分子量: 13808.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ddn, MT3651, Rv3547 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P71854, UniProt: P9WP15*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1843.65
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法630% PEG 6000, 1M LiCl, 0.1 M MES, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法630% PEG 6000, 0.1 M MES, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.979
シンクロトロンALS 5.0.220.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年4月4日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2009年4月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Double-crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Double-crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 17466 / Num. obs: 17466 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 3.302 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.55-1.613.30.6262.517354.24899.5
1.61-1.6740.5313.29617771.32699.7
1.67-1.754.20.4334.87417571.61799.5
1.75-1.844.20.3127.62317381.89799.3
1.84-1.954.20.23411.32817562.4898.3
1.95-2.14.10.17416.4417223.12297.7
2.1-2.323.90.13621.9717144.0296.2
2.32-2.653.80.11427.72117205.08596.3
2.65-3.343.60.08336.74617385.47295.5
3.34-503.80.05848.6418094.84995.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→35.523 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: CCP4 monomer library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 866 5.21 %random
Rwork0.1799 ---
obs0.1815 16624 92.66 %-
all-16640 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.972 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 184.29 Å2 / Biso mean: 24.6062 Å2 / Biso min: 10.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3241 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.0708 Å20 Å2
3----1.2532 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数921 0 12 120 1053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7341339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.126147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.837373
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.55-1.64680.33341370.265423512488248884
1.6468-1.77390.2141370.195825202657265790
1.7739-1.95240.20681400.169326492789278994
1.9524-2.23490.16881310.171527212852285296
2.2349-2.81560.24091620.174827112873287396
2.8156-35.53180.1921590.171528062965296595
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.5547 Å / Origin y: -9.7374 Å / Origin z: -11.8571 Å
111213212223313233
T0.1574 Å20 Å20.0018 Å2-0.0981 Å2-0 Å2--0.0754 Å2
L0.3522 °20.0334 °20.1171 °2-0.7766 °20.5135 °2--0.8995 °2
S-0.0329 Å °0.0243 Å °-0.0151 Å °0.0028 Å °-0.0132 Å °-0.0209 Å °0.064 Å °-0.0368 Å °0.037 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA36 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1allA1
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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