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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r4k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative ICLR transcriptional regulator (TM1040_3717) from SILICIBACTER SP. TM1040 at 2.46 A resolution | ||||||
要素 | Transcriptional regulator, IclR family | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA/RNA-binding 3-helical bundle / Profilin-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-biology | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a putative ICLR transcriptional regulator (TM1040_3717) from SILICIBACTER SP. TM1040 at 2.46 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r4k.cif.gz | 387.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r4k.ent.gz | 322.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r4k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3r4k_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3r4k_full_validation.pdf.gz | 469.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3r4k_validation.xml.gz | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3r4k_validation.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/3r4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/3r4k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27898.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア) 遺伝子: TM1040_3717 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1GKY2 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.20M CaAcetate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9116,0.9796,0.9794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月5日 詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.46→29.14 Å / Num. all: 41482 / Num. obs: 41482 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.46→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9281 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9042 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) MOLECULES FROM THE CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 5. NCS RESTRAINTS WERE USED DURING REFINEMENT VIA THE AUTONCS OPTION. 6. MAD PHASE RESTRAINTS (HL COEFFICIENTS) WERE USED DURING REFINEMENT.
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原子変位パラメータ | Biso max: 140.99 Å2 / Biso mean: 44.073 Å2 / Biso min: 11.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.46→2.52 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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