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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r4g | ||||||
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タイトル | Human Cyclophilin D Complexed with a Fragment | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial | ||||||
キーワード | ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / beta barrel / prolyl cis/trans isomerase / mitochondria / inhibitor / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / peptide binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Colliandre, L. / Ahmed-Belkacem, H. / Bessin, Y. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Fragment-based discovery of a new family of non-peptidic small-molecule cyclophilin inhibitors with potent antiviral activities. 著者: Ahmed-Belkacem, A. / Colliandre, L. / Ahnou, N. / Nevers, Q. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Brillet, R. / Cala, O. / Douguet, D. / Bourguet, W. / Krimm, I. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r4g.cif.gz | 95.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r4g.ent.gz | 72.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/3r4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/3r4g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3r49C 3r54C 3r56C 3r57C 3r59C 3rcfC 3rcgC 3rciC 3rckC 3rclC 3rd9C 3rdaC 3rdbC 3rddC 4j58C 4j59C 4j5bC 4j5cC 4j5dC 4j5eC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17870.400 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-207 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 30% PEG4000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.97625 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: yale mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→29.7 Å / Num. all: 65836 / Num. obs: 65836 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 14.2 / Observed criterion σ(I): 14.2 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.039 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.077 Å / % possible all: 78.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.57 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.544 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→29.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
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