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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r2e | ||||||
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タイトル | Dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase from Yersinia pestis. | ||||||
要素 | Dihydroneopterin aldolase | ||||||
キーワード | LYASE / structural genomics / IDP90567 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / bifunctional / dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid-containing compound metabolic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase from Yersinia pestis 著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r2e.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r2e.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r2e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3r2e_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3r2e_full_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3r2e_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3r2e_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2o90S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16149.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO-92 / 遺伝子: folB, YPO0648 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q0WJ22, UniProt: A0A5P8YJX5*PLUS, dihydroneopterin aldolase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Bis-tris buffer, 45% MPD, 10 mM guanine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→31 Å / Num. all: 7990 / Num. obs: 7990 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 57.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.595 / Net I/σ(I): 12.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2O90 解像度: 2.15→31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 16.998 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.66 Å2 / Biso mean: 67.9161 Å2 / Biso min: 33.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.201 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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