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- PDB-3r2b: MK2 kinase bound to Compound 5b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2b
タイトルMK2 kinase bound to Compound 5b
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase domain with bound inhibitor / Kinase domain / Phosphotransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / regulation of mRNA stability / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / ciliary basal body / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-05B / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Oubrie, A. / van Zeeland, M. / Versteegh, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Structure-based lead identification of ATP-competitive MK2 inhibitors.
著者: Barf, T. / Kaptein, A. / Wilde, S. / Heijden, R. / Someren, R. / Demont, D. / Schultz-Fademrecht, C. / Versteegh, J. / Zeeland, M. / Seegers, N. / Kazemier, B. / Kar, B. / Hoek, M. / Roos, J. ...著者: Barf, T. / Kaptein, A. / Wilde, S. / Heijden, R. / Someren, R. / Demont, D. / Schultz-Fademrecht, C. / Versteegh, J. / Zeeland, M. / Seegers, N. / Kazemier, B. / Kar, B. / Hoek, M. / Roos, J. / Klop, H. / Smeets, R. / Hofstra, C. / Hornberg, J. / Oubrie, A.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
E: MAP kinase-activated protein kinase 2
F: MAP kinase-activated protein kinase 2
G: MAP kinase-activated protein kinase 2
H: MAP kinase-activated protein kinase 2
I: MAP kinase-activated protein kinase 2
J: MAP kinase-activated protein kinase 2
K: MAP kinase-activated protein kinase 2
L: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,75314
ポリマ－440,94612
非ポリマー8072
水00
1
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1492
ポリマ－36,7451
非ポリマー4031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1492
ポリマ－36,7451
非ポリマー4031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7451
ポリマ－36,7451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.803, 180.249, 217.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 47 - 345 / Label seq-ID: 1 - 299

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL

-
要素

#1: タンパク質
MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 36745.484 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 47-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-05B / 2'-[2-(1,3-benzodioxol-5-yl)pyrimidin-4-yl]-5',6'-dihydrospiro[piperidine-4,7'-pyrrolo[3,2-c]pyridin]-4'(1'H)-one


分子量: 403.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21N5O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 2.3 M AmSO4, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: VariMax-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→51.97 Å / Num. obs: 74678 / % possible obs: 61.3 % / 冗長度: 3.22 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 5 / Scaling rejects: 1817
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.9-33.140.5411.92452277980.8164.6
3-3.123.160.4932.12456577620.8864.4
3.12-3.273.180.4452.42449776950.9163.9
3.27-3.443.180.3942.72443176700.9763.5
3.44-3.653.160.3672.92428176101.1462.9
3.65-3.943.110.28142379975321.2661.9
3.94-4.333.230.25.32399573941.1561
4.33-4.963.270.15472416873441.0859.9
4.96-6.243.370.13382402570891.0157.8
6.24-51.973.440.07414.12395467840.9653.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.5Lデータスケーリング
REFMAC5.4.0078精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→51.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 52.857 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.669 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3157 3743 5 %RANDOM
Rwork0.2766 ---
obs0.2785 74643 61.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.37 Å2 / Biso mean: 100.5853 Å2 / Biso min: 75.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→51.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26321 0 60 0 26381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02226943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0218788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8391.97236355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.777345805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6153204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9923.7481190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.715154977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.14815180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.24038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02128998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0531.516284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0171.56504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.106226401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.172310659
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2794.59954
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3725 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.340.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.350.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.310.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.340.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.320.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.330.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.290.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.270.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.290.5
10JMEDIUM POSITIONAL0.30.5
11KMEDIUM POSITIONAL0.280.5
12LMEDIUM POSITIONAL0.290.5
1AMEDIUM THERMAL0.092
2BMEDIUM THERMAL0.062
3CMEDIUM THERMAL0.072
4DMEDIUM THERMAL0.082
5EMEDIUM THERMAL0.072
6FMEDIUM THERMAL0.092
7GMEDIUM THERMAL0.062
8HMEDIUM THERMAL0.062
9IMEDIUM THERMAL0.062
10JMEDIUM THERMAL0.072
11KMEDIUM THERMAL0.062
12LMEDIUM THERMAL0.062
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 297 -
Rwork0.385 5452 -
all-5749 -
obs--64.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.47361.3219-0.23491.1201-0.01361.12470.01770.1729-0.0608-0.11610.0289-0.1422-0.02310.1019-0.04660.17090.0389-0.01750.10820.01260.0825-13.3014-55.29119.7178
23.93720.016-0.89530.39230.03611.2235-0.01940.0885-0.2328-0.0147-0.02070.14060.0246-0.1030.040.19790.0442-0.01060.2395-0.00170.1791-20.9287-28.0423-13.9909
31.3122-0.1647-0.20713.90140.97762.2573-0.0137-0.20640.13670.33920.0089-0.2025-0.04030.07510.00480.1565-0.029-0.04590.2442-0.02390.1332-27.1503-40.596559.7174
41.1978-0.2750.00612.1535-0.89971.8780.0361-0.05170.20920.06860.00650.0723-0.1766-0.208-0.04260.1225-0.0105-0.0620.1879-0.08560.1492-53.4348-37.566124.3636
53.5017-1.0142-0.51311.6847-0.05360.82020.0636-0.10260.1012-0.0423-0.0789-0.2731-0.04890.17730.01530.3189-0.0117-0.06110.21810.06860.18048.4063-83.78841.1419
61.34130.006-0.14292.479-0.76432.18770.02390.1105-0.1351-0.1114-0.0342-0.11470.15780.00460.01030.0994-0.0014-0.07590.1508-0.05810.0812-50.6912-70.609-2.413
71.60650.34740.43032.49821.10332.8845-0.0038-0.27480.08710.2413-0.08850.18130.0976-0.18440.09230.2232-0.0008-0.03020.28060.05220.2868-20.68-78.378274.1339
81.27540.29440.06684.5941.52792.6438-0.02240.0009-0.28590.1521-0.04610.10920.4527-0.01980.06850.222-0.04340.10160.3926-0.02380.477219.9596-100.2539-4.9873
93.5051-0.0175-0.23441.0588-0.12091.18350.07290.19210.0642-0.0239-0.037-0.11840.0068-0.0815-0.03580.4426-0.0353-0.06570.36870.11950.451327.0551-58.385772.4763
101.41650.26560.26892.69451.19242.67830.0436-0.2094-0.03150.2613-0.03490.01170.1096-0.1788-0.00870.16620.005-0.08350.22360.05080.196215.2308-28.132752.8128
110.749-0.62870.65712.8663-2.0072.4876-0.0257-0.0188-0.02490.03160.1590.3308-0.1049-0.3272-0.13340.34150.04050.02820.5168-0.09740.593-55.75390.153847.5837
121.49390.0520.2083.02631.06452.2391-0.0384-0.03810.1753-0.0744-0.07860.2395-0.3001-0.17240.1170.26440.073-0.00640.38850.06790.2706-7.605714.2196-7.9003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2B47 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3C47 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4D47 - 345
5X-RAY DIFFRACTION5E47 - 345
6X-RAY DIFFRACTION6F47 - 345
7X-RAY DIFFRACTION7G47 - 345
8X-RAY DIFFRACTION8H47 - 345
9X-RAY DIFFRACTION9I47 - 345
10X-RAY DIFFRACTION10J47 - 345
11X-RAY DIFFRACTION11K47 - 345
12X-RAY DIFFRACTION12L47 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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