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万見
- PDB-3r1k: Crystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1k
タイトルCrystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tuberculosis H37Rv in complex with CoA and an acetamide moiety
要素Enhanced intracellular survival protein
キーワードTRANSFERASE / GNAT / ACETYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / bacterial extracellular vesicle / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / bacterial extracellular vesicle / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / protein-lysine-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily ...N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / COENZYME A / N-acetyltransferase Eis / N-acetyltransferase Eis
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Biswas, T. / Chen, W. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Unusual regioversatility of acetyltransferase Eis, a cause of drug resistance in XDR-TB.
著者: Chen, W. / Biswas, T. / Porter, V.R. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5203
ポリマ－46,6931
非ポリマー8272
水5,242291
1
A: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,11718
ポリマ－280,1576
非ポリマー4,96012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area30370 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area88030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.935, 174.935, 124.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Enhanced intracellular survival protein


分子量: 46692.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: eis, Rv2416c, MT2489, MTCY253.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71727, UniProt: P9WFK7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 12% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 49243 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERSAD位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.453 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22365 2622 5.1 %RANDOM
Rwork0.19482 ---
obs0.1963 49243 97.58 %-
all-50766 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.546 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3048 0 52 291 3391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.984315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9035394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.3621.348141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25615482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8221540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2321.52018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8723138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.53731299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.744.51177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.54533317
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.6163291
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.34933100
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 160 -
Rwork0.248 3071 -
obs--83.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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