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- PDB-3r12: Crystal structure of a Deoxyribose-phosphate aldolase (TM_1559) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r12
タイトルCrystal structure of a Deoxyribose-phosphate aldolase (TM_1559) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.75 A resolution
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードLYASE / TIM BETA/ALPHA-BARREL / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type I / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / S-1,2-PROPANEDIOL / Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Deoxyribose-phosphate aldolase (TM_1559) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2011年5月18日ID: 1O0Y
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8716
ポリマ－58,3182
非ポリマー5524
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.812, 51.818, 84.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Deoxyribose-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / DERA / Deoxyriboaldolase


分子量: 29159.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: deoC, TM1559, TM_1559 / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9X1P5, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 25.0% 1,2-propanediol, 10.0% Glycerol, 5.0% PEG-3000, 0.1M Phosphate Citrate pH 4.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.918370,0.977757
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月27日 / 詳細: FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.9777571
反射解像度: 1.75→47.226 Å / Num. obs: 40637 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 16.819 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.75-1.810.5271.52564152333.7
1.81-1.890.5422.310035311660.9
1.89-1.970.413.211743349680
1.97-2.070.3034.516070441697.1
2.07-2.20.2186.117128461497.9
2.2-2.370.16817248462897.8
2.37-2.610.1251017579468998.2
2.61-2.990.08513.817570470098.2
2.99-3.760.0520.417380464798.5
3.760.0427.417435480898.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEJanuary 30データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.226 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.903 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.12
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CITRATE (CIT) AND GLYCEROL (GOL) MODELED IN THE STRUCTURE ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CITRATE (CIT) AND GLYCEROL (GOL) MODELED IN THE STRUCTURE ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1915 2046 5 %RANDOM
Rwork0.1529 ---
obs0.1548 40622 86.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.14 Å2 / Biso mean: 22.0715 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å2-0.56 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3928 0 37 256 4221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9525636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88136870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1375536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62623.812181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08915737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6871525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.57332587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.47331079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51154178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.87881580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.111111455
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 49 -
Rwork0.271 989 -
all-1038 -
obs--29.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8960.03440.15390.53050.1650.6424-0.00790.0842-0.0021-0.0111-0.01580.0350.0728-0.0180.02370.0224-0.0047-0.00150.01-0.00260.01154.153422.73554.0719
21.04160.11360.14880.58840.34960.72670.0116-0.09410.0620.0743-0.01270.0067-0.0151-0.00860.00110.0327-0.0035-0.00440.0087-0.00410.05057.258642.77577.3968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 249
2X-RAY DIFFRACTION2B-7 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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