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- PDB-3r0r: The 2.3 A structure of porcine circovirus 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r0r
タイトルThe 2.3 A structure of porcine circovirus 2
要素Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
キーワードVIRUS / Viral jelly roll / beta barrel / ssDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Circovirus capsid protein / Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Khayat, R. / Speir, J.A. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: The 2.3-angstrom structure of porcine circovirus 2.
著者: Khayat, R. / Brunn, N. / Speir, J.A. / Hardham, J.M. / Ankenbauer, R.G. / Schneemann, A. / Johnson, J.E.
履歴
登録2011年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32012年5月30日Group: Refinement description
改定 1.42014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5195
ポリマ－26,1351
非ポリマー3844
水2,306128
1
A: Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,591,168300
ポリマ－1,568,11360
非ポリマー23,055240
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2
A: Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,591,168300
ポリマ－1,568,11360
非ポリマー23,055240
水1,08160
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
3


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 133 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,59725
ポリマ－130,6765
非ポリマー1,92120
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
5
A: Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 159 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,11730
ポリマ－156,8116
非ポリマー2,30624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
6


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
7
A: Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein
ヘテロ分子
x 120


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.18 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,182,337600
ポリマ－3,136,226120
非ポリマー46,110480
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation119
単位格子
Length a, b, c (Å)193.612, 202.163, 230.975
Angle α, β, γ (deg.)90.010, 89.330, 90.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.318191, -0.741846, 0.590271), (0.829661, 0.519168, 0.205249), (-0.458713, 0.424416, 0.780675)
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5generate(0.318185, 0.829663, -0.458713), (-0.741849, 0.519163, 0.424416), (0.590269, 0.205253, 0.780675)
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19generate(0.508976, -0.260548, -0.820401), (-0.364807, 0.79797, -0.47975), (0.779653, 0.543469, 0.311098)
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21generate(-0.774722, -0.627165, -0.080435), (0.378419, -0.357975, -0.853612), (0.506562, -0.691749, 0.514663)
22generate(0.712196, 0.612808, -0.342409), (-0.615271, 0.310094, -0.724764), (-0.337962, 0.726848, 0.597891)
23generate(0.892791, -0.354076, 0.278486), (0.3929, 0.30966, -0.865876), (0.22035, 0.882463, 0.415578)
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26generate(0.482866, 0.394835, 0.78163), (0.200649, 0.818951, -0.537642), (-0.852397, 0.416442, 0.31622)
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31generate(0.16955, -0.985168, 0.026407), (-0.117976, -0.046892, -0.991909), (0.978435, 0.165063, -0.124176)
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34generate(0.8007, -0.363802, -0.47595), (-0.588077, -0.325856, -0.740259), (0.114216, 0.87262, -0.474856)
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43generate(-0.352391, 0.720428, -0.597331), (0.840133, 0.524731, 0.137235), (0.412306, -0.453478, -0.790166)
44generate(0.243718, -0.382351, -0.891296), (0.377739, -0.809014, 0.450343), (-0.893261, -0.446434, -0.052742)
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46generate(-0.285408, -0.850508, 0.44179), (-0.786718, 0.471174, 0.398835), (-0.547372, -0.233734, -0.803587)
47generate(-0.353879, 0.839505, 0.412311), (0.719498, 0.526009, -0.453473), (-0.597572, 0.136182, -0.790166)
48generate(0.954887, 0.033577, -0.295064), (0.033577, -0.999423, -0.005068), (-0.295064, -0.005068, -0.955464)
49generate(0.106074, 0.748924, -0.654111), (0.748248, -0.493359, -0.443532), (-0.654884, -0.44239, -0.612714)
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51generate(-0.999088, -0.04269, 0.00109), (-0.042684, 0.997544, -0.055532), (0.001284, -0.055528, -0.998456)
52generate(0.758457, 0.641057, 0.117423), (0.382439, -0.291897, -0.876662), (-0.527715, 0.709818, -0.466556)
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54generate(-0.492011, 0.226874, 0.840508), (-0.428948, 0.776953, -0.460813), (-0.757581, -0.587259, -0.284952)
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113generate(-0.508773, 0.260145, 0.820655), (-0.364869, 0.798245, -0.479245), (-0.779757, -0.543258, -0.311207)97.441, 101.048, 114.781
114generate(0.129514, -0.118624, 0.984456), (-0.991159, 0.013357, 0.132005), (-0.028808, -0.992849, -0.115846)97.441, 101.048, 114.781
115generate(0.72907, -0.214372, 0.650002), (0.215025, -0.829863, -0.514871), (0.649786, 0.515143, -0.558932)97.441, 101.048, 114.781
116generate(0.430985, 0.853199, 0.293776), (0.838584, -0.498923, 0.218751), (0.33321, 0.152077, -0.930507)97.441, 101.048, 114.781
117generate(0.785171, -0.600456, 0.151523), (-0.37016, -0.258896, 0.892163), (-0.496475, -0.756588, -0.425542)97.441, 101.048, 114.781
118generate(-0.483048, -0.201044, 0.852201), (0.394824, 0.818705, 0.416938), (-0.781524, 0.53787, -0.316096)97.441, 101.048, 114.781
119generate(0.710295, 0.247908, 0.658804), (-0.247393, -0.788299, 0.563366), (0.658998, -0.56314, -0.498594)97.441, 101.048, 114.781
120generate(-0.999992, -0.003997, 3.0E-6), (-0.003997, 0.99999, -0.001745), (4.0E-6, -0.001745, -0.999998)98.73806, 101.4658, 115.48544

-
要素

#1: タンパク質 Porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein / Cap protein / Capsid protein / ORF2


分子量: 26135.219 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 42-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine circovirus 2 (ウイルス) / 遺伝子: cap, Cap, ORF2, cp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q805N7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 6% PEG 3350, 2.5% isopropanol, 0.3 M monium Citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.88 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月11日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 1002451 / % possible obs: 68.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 5 Å2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / % possible all: 44.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→39.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / Data cutoff high absF: 129094 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 20288 2 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-728609 68.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 2.8822 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 121.27 Å2 / Biso mean: 26.8697 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å2-0.42 Å2-4.59 Å2
2--0.99 Å2-0.79 Å2
3----2.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1594 0 20 128 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.46 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork72420 -
all72507 -
Rfree-0.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5sulfate.paramsulfate.top

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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