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- PDB-3qzw: Plasticity of human CD8 binding to peptide-HLA-A*2402 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qzw
タイトルPlasticity of human CD8 binding to peptide-HLA-A*2402
要素
  • 10-mer peptide from Protein Nef
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
  • T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin family / coreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / T cell mediated immunity / suppression by virus of host autophagy / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding ...cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / T cell mediated immunity / suppression by virus of host autophagy / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / host cell Golgi membrane / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / coreceptor activity / T cell receptor binding / detection of bacterium / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / virion component / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...CD8 alpha subunit / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Plasticity of human CD8alpha alpha binding to peptide-HLA-A*2402
著者: Shi, Y. / Qi, J. / Iwamoto, A. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月3日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 10-mer peptide from Protein Nef
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: 10-mer peptide from Protein Nef
G: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
H: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
I: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
J: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,84210
ポリマ－140,84210
非ポリマー00
水2,954164
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 10-mer peptide from Protein Nef
G: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
H: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4215
ポリマ－70,4215
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: 10-mer peptide from Protein Nef
I: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
J: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4215
ポリマ－70,4215
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.239, 67.019, 101.144
Angle α, β, γ (deg.)73.71, 71.84, 81.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / Aw-24 / HLA class I histocompatibility antigen / A-9 alpha chain / MHC class I antigen A*24


分子量: 31551.889 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domains, alpha1, alpha2, alpha3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 10-mer peptide from Protein Nef


分子量: 1290.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9YYU8
#4: タンパク質
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-lymphocyte differentiation antigen T8/Leu-2


分子量: 12849.552 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain (UNP residues 22-135) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD8A, MAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01732
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES monohydrate, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→50 Å / Num. obs: 38431 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.798→31.613 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 1926 5.01 %
Rwork0.2018 --
obs0.2048 38408 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.129 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.1583 Å21.1003 Å211.0045 Å2
2--4.2984 Å20.0721 Å2
3----17.4567 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→31.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9922 0 0 164 10086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82313824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5743672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7976-2.86750.3381220.27692433X-RAY DIFFRACTION92
2.8675-2.9450.37531220.26762585X-RAY DIFFRACTION98
2.945-3.03160.37071210.25932638X-RAY DIFFRACTION98
3.0316-3.12940.34251330.26232604X-RAY DIFFRACTION99
3.1294-3.24110.33581450.22652607X-RAY DIFFRACTION98
3.2411-3.37080.2791360.22612652X-RAY DIFFRACTION99
3.3708-3.5240.27151310.20482596X-RAY DIFFRACTION99
3.524-3.70950.24221320.19572645X-RAY DIFFRACTION99
3.7095-3.94150.2451460.18732613X-RAY DIFFRACTION99
3.9415-4.24520.2131530.17092594X-RAY DIFFRACTION99
4.2452-4.67120.20811570.14972616X-RAY DIFFRACTION99
4.6712-5.34430.22681360.15422627X-RAY DIFFRACTION99
5.3443-6.72250.23021480.18852660X-RAY DIFFRACTION100
6.7225-31.61510.21141440.17552612X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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