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- PDB-3qzq: Human enterovirus 71 3C protease mutant E71D in complex with rupi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qzq
タイトルHuman enterovirus 71 3C protease mutant E71D in complex with rupintrivir
要素3C protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / chymotrypsin-fold / beta-ribbon / hydrolysis / nucleus / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / virion attachment to host cell / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG7 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7001 Å
データ登録者Wang, J. / Fan, T. / Yao, X. / Wu, Z. / Guo, L. / Lei, X. / Wang, J. / Wang, M. / Jin, Q. / Cui, S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Enterovirus 71 3C Protease Complexed with Rupintrivir Reveal the Roles of Catalytically Important Residues.
著者: Wang, J. / Fan, T. / Yao, X. / Wu, Z. / Guo, L. / Lei, X. / Wang, J. / Wang, M. / Jin, Q. / Cui, S.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32015年5月6日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C protein
B: 3C protein
C: 3C protein
D: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7578
ポリマ－82,3544
非ポリマー2,4034
水10,773598
1
A: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1892
ポリマ－20,5891
非ポリマー6011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1892
ポリマ－20,5891
非ポリマー6011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1892
ポリマ－20,5891
非ポリマー6011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1892
ポリマ－20,5891
非ポリマー6011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.443, 142.443, 69.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-390-

HOH

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要素

#1: タンパク質
3C protein / 3C protease


分子量: 20588.578 Da / 分子数: 4 / 変異: E71D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: E7E815
#2: 化合物
ChemComp-AG7 / 4-{2-(4-FLUORO-BENZYL)-6-METHYL-5-[(5-METHYL-ISOXAZOLE-3-CARBONYL)-AMINO]-4-OXO-HEPTANOYLAMINO}-5-(2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL)-PENTANOIC ACID ETHYL ESTER / RUPINTRIVIR, bound form


分子量: 600.678 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41FN4O7
コメント: 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Hepes 0.1M, PEG4000 10%, iso-propanol 20%, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月19日
放射モノクロメーター: Ge multilayers / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.49 Å / Num. obs: 73601 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.77 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 22.7 / Num. unique all: 7772 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER2.1位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7001→28.059 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 3664 5.01 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
all0.21 ---
obs0.2006 73112 92.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.667 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7001→28.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5471 0 172 598 6241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0185942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0218066
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8852320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.72240.3269920.22062082X-RAY DIFFRACTION73
1.7224-1.7460.3341210.22042345X-RAY DIFFRACTION82
1.746-1.7710.2821320.20182373X-RAY DIFFRACTION85
1.771-1.79740.2691290.19842432X-RAY DIFFRACTION86
1.7974-1.82550.31431310.18812438X-RAY DIFFRACTION85
1.8255-1.85540.28981300.18742453X-RAY DIFFRACTION87
1.8554-1.88740.26411400.18532456X-RAY DIFFRACTION86
1.8874-1.92170.3081380.19872467X-RAY DIFFRACTION87
1.9217-1.95870.26851070.18722521X-RAY DIFFRACTION88
1.9587-1.99860.27551250.18932572X-RAY DIFFRACTION90
1.9986-2.04210.27211240.18012666X-RAY DIFFRACTION93
2.0421-2.08960.24841500.17222694X-RAY DIFFRACTION95
2.0896-2.14180.25511450.17142752X-RAY DIFFRACTION96
2.1418-2.19970.25771410.18452758X-RAY DIFFRACTION97
2.1997-2.26440.25221440.18992821X-RAY DIFFRACTION97
2.2644-2.33740.2521530.19332765X-RAY DIFFRACTION98
2.3374-2.42090.26541460.18752839X-RAY DIFFRACTION99
2.4209-2.51780.2841720.18152837X-RAY DIFFRACTION99
2.5178-2.63230.28461600.18852872X-RAY DIFFRACTION100
2.6323-2.7710.23381590.19822873X-RAY DIFFRACTION100
2.771-2.94440.261470.18522877X-RAY DIFFRACTION100
2.9444-3.17150.24921530.1942910X-RAY DIFFRACTION100
3.1715-3.49010.21951520.18272911X-RAY DIFFRACTION100
3.4901-3.99390.21491600.18062899X-RAY DIFFRACTION99
3.9939-5.02710.19171690.16162903X-RAY DIFFRACTION98
5.0271-28.06290.25311440.24272932X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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