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- PDB-3qze: Crystal Structure of DapA (PA1010) at 1.6 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qze
タイトルCrystal Structure of DapA (PA1010) at 1.6 A resolution
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / Alpha beta barrel / Dihydrodipicolinate synthase / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


(R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Schnell, R. / Sandalova, T. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase and dihydrodipicolinate synthase from Pseudomonas aeruginosa: structure analysis and gene deletion.
著者: Schnell, R. / Oehlmann, W. / Sandalova, T. / Braun, Y. / Huck, C. / Maringer, M. / Singh, M. / Schneider, G.
履歴
登録2011年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Structure summary
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
C: Dihydrodipicolinate synthase
D: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,3188
ポリマ－136,1764
非ポリマー1424
水15,763875
1
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1594
ポリマ－68,0882
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
2
C: Dihydrodipicolinate synthase
D: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1594
ポリマ－68,0882
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.110, 51.740, 140.350
Angle α, β, γ (deg.)95.70, 90.02, 113.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Dihydrodipicolinate synthase / DHDPS


分子量: 34044.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag and TEV protease site / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: dapA, dapA (PA1010), PA1010 / プラスミド: pNIC28Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I4W3, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.6, 0.2 M MgCl2, 18% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日
詳細: channel cut ESRF monochromator and a new torodial focusing mirror
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→41.25 Å / Num. all: 139082 / Num. obs: 139082 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 3.1 / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.59→1.67 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 20245 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OJP chain-A edited

2ojp


解像度: 1.59→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.385 / SU ML: 0.054 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3.1 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 7011 5 %RANDOM
Rwork0.14683 ---
all0.14948 132070 --
obs0.14948 132070 92.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.53 Å20.37 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8768 0 4 875 9647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0229020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0231.97112277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13314906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97951185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15723.622370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.447151540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5791578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02110087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9311.55815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9241.52360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68529379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.04133205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8034.52884
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.119315109
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.6763879
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.517314943
LS精密化 シェル解像度: 1.586→1.627 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 487 -
Rwork0.199 9583 -
obs--91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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