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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qyc | ||||||
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タイトル | Structure of a dimeric anti-HER2 single domain antibody | ||||||
![]() | VH domain of IgG molecule | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin V domain fold / antibody | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Baral, T.N. / Chao, S. / Li, S. / Tanha, J. / Arbabai, M. / Wang, S. / Zhang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Human Single Domain Antibody Dimer Formed through V(H)-V(H) Non-Covalent Interactions. 著者: Baral, T.N. / Chao, S.Y. / Li, S. / Tanha, J. / Arbabi-Ghahroudi, M. / Zhang, J. / Wang, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 15740.417 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 33740 / Num. obs: 33598 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.6 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Num. unique all: 33598 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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