PDB-3qy3: PA2801 protein, a putative Thioesterase from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qy3

タイトル

PA2801 protein, a putative Thioesterase from Pseudomonas aeruginosa

要素

Thioesterase

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Structure and activity of the Pseudomonas aeruginosa hotdog-fold thioesterases PA5202 and PA2801.
著者: Gonzalez, C.F. / Tchigvintsev, A. / Brown, G. / Flick, R. / Evdokimova, E. / Xu, X. / Osipiuk, J. / Cuff, M.E. / Lynch, S. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2011年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年3月16日	ID: 2ALI
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qy3.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qy3.ent.gz	53.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qy3_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qy3_full_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示
XML形式データ	3qy3_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	3qy3_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zkiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yk4-1 3f3k-d 1yae-7 6wy7-1 6ohr-2 1yae-9 5nau-d 1ll1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5055

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioesterase

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioesterase

ヘテロ分子

A: Thioesterase

ヘテロ分子

A: Thioesterase

ヘテロ分子

A: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.816, 58.907, 85.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-215- HOH

#1: タンパク質	Thioesterase 分子量: 17852.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2801 / プラスミド: PET15B modified / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I042
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M CALCIUM CHLORIDE, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 1.75→39.7 Å / Num. all: 13809 / Num. obs: 13809 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 47.7

反射シェル

解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 854 / % possible all: 79.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→39.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.704 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2076	1375	10 %	RANDOM
R_work	0.1653	-	-	-
all	0.1694	13809	-	-
obs	0.1694	13809	97.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.8 Å² / B_iso mean: 32.3292 Å² / B_iso min: 9.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1026	0	1	103	1130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.937	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.832	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.189	22.885	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.992	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.722	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.056	1.5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.332	1.5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.866	2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.843	3	434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.43	4.5	421

LS精密化シェル

解像度: 1.749→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.492	68	-
R_work	0.337	744	-
all	-	812	-
obs	-	812	79.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1749	0.5954	0.1733	1.2149	0.6194	0.7579	-0.0508	-0.1406	-0.0103	0.0033	0.0255	-0.0167	0.011	0.0234	0.0253	0.0853	0.0087	-0.007	0.1117	0.0029	0.0623	7.8055	-0.8547	9.0495
2	1.6108	-0.3278	0.6332	1.0664	-0.6679	1.7661	-0.1264	-0.1554	0.1784	0.0044	0.0593	-0.1499	-0.3041	-0.0453	0.0671	0.1375	0.0174	-0.0361	0.0575	-0.0433	0.0722	13.2985	10.2737	7.0842
3	2.6571	1.4376	-0.3418	2.2368	0.0587	0.8729	-0.0104	-0.3274	-0.021	0.0707	0.048	-0.1769	0.0429	0.0965	-0.0376	0.0697	0.0181	-0.0161	0.0967	-0.02	0.0658	15.9677	0.7173	11.6824
4	1.2032	0.4	-0.2258	1.8231	-0.6655	1.5773	0.0157	-0.2987	-0.0319	0.1303	-0.049	-0.2069	-0.1011	0.1166	0.0333	0.1024	-0.0046	-0.0199	0.0972	-0.0188	0.0702	16.9367	1.1659	11.2616
5	4.7059	0.3259	5.9752	3.82	-3.2353	27.8129	-0.6436	-0.1578	0.732	-0.4092	0.1491	-0.2088	-0.9984	0.1454	0.4945	0.2351	-0.0388	-0.0384	0.0359	-0.0605	0.1619	19.8033	21.2069	8.0897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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