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- PDB-3qxj: Crystal structure of dethiobiotin synthetase (BioD) from Helicoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qxj
タイトルCrystal structure of dethiobiotin synthetase (BioD) from Helicobacter pylori complexed with GTP
要素Dethiobiotin synthetase
キーワードLIGASE / DTBS / dethiobiotin synthetase / ADP binding / Structural Genomics / PSI-BIOLOGY / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NITRATE ION / ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Klimecka, M.M. / Porebski, P.J. / Chruszcz, M. / Murzyn, K. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of Helicobacter pylori dethiobiotin synthetase reveals differences between family members.
著者: Porebski, P.J. / Klimecka, M. / Chruszcz, M. / Nicholls, R.A. / Murzyn, K. / Cuff, M.E. / Xu, X. / Cymborowski, M. / Murshudov, G.N. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32013年3月27日Group: Database references
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dethiobiotin synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,31613
ポリマ－27,1481
非ポリマー1,16812
水5,423301
1
A: Dethiobiotin synthetase
ヘテロ分子

A: Dethiobiotin synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,63226
ポリマ－54,2962
非ポリマー2,33624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area7850 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.151, 37.504, 69.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

21A-324-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dethiobiotin synthetase / DTB synthetase / DTBS / Dethiobiotin synthase


分子量: 27148.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: bioD, hp0029, HP_0029 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Gold(de3) Magic / 参照: UniProt: O24872, dethiobiotin synthase

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非ポリマー , 5種, 313分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350; 150 MM NH4NO3; 100 MM, BIS-TRIS; SOAKED WITH 10 MM GTP, 10 MM MGCL2, 10 MM 8-AMINOOCTANOIC ACID; IN SITU PROTEOLYSIS - CHYMOTRYPSIN, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 42504 / Num. obs: 42504 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1929 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QMO

2qmo


解像度: 1.38→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.791 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17954 2142 5.1 %RANDOM
Rwork0.15883 ---
all0.15991 40040 --
obs0.15991 40040 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.38 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 63 301 2120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.9882605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.29733155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3345244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81425.47684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.06615337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.008156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0771.51170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2091.5467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80821898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8153751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3734.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 148 -
Rwork0.405 2775 -
obs-2775 93.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05930.02950.19880.42560.20960.6470.0071-0.071-0.03710.0502-0.0130.03460.0965-0.02850.0060.0556-0.0180.00250.06920.00080.03218.509-22.511-11.601
20.51640.01360.23540.29830.13930.7942-0.0027-0.02520.0639-0.0085-0.00310.0255-0.0618-0.03650.00590.0581-0.0126-0.00710.0672-0.00380.053311.269-13.248-20.967
30.6949-0.12770.23451.0530.51112.30320.03190.00490.0745-0.02670.03270.0067-0.00090.1404-0.06450.0457-0.0050.00450.096-0.0020.088924.095-18.437-30.156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3A176 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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