PDB-3qvi: Crystal structure of KNI-10395 bound histo-aspartic protease (HAP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qvi

タイトル

Crystal structure of KNI-10395 bound histo-aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum

要素

Histo-aspartic protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Histo-aspartic protease / HAP / Plasmepsin / Aspartic protease / Malaria / KNI / KNI-10395 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bhaumik, P. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the activation and inhibition of histo-aspartic protease from Plasmodium falciparum.
著者: Bhaumik, P. / Xiao, H. / Hidaka, K. / Gustchina, A. / Kiso, Y. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.3	2013年9月4日	Group: Other
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qvi.cif.gz	552 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qvi.ent.gz	454.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qvi_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qvi_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3qvi_validation.xml.gz	67.3 KB	表示
CIF形式データ	3qvi_validation.cif.gz	88.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qvcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bnx-d 4y0e-1 3syq-1 2qks-1 2e4o-d 3bny-d 1t7l-d 0903 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histo-aspartic protease

B: Histo-aspartic protease

C: Histo-aspartic protease

D: Histo-aspartic protease

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Histo-aspartic protease

B: Histo-aspartic protease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Histo-aspartic protease

D: Histo-aspartic protease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.430, 90.510, 192.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	0 - 73	125 - 198
2	1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	0 - 73	125 - 198
1	2	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	81 - 155	206 - 281
2	2	1	SER	SER	LEU	LEU	B	B	81 - 155	206 - 281
1	3	1	TYR	TYR	PHE	PHE	A	A	164 - 228	290 - 350
2	3	1	TYR	TYR	PHE	PHE	B	B	164 - 228	290 - 350
1	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	255 - 278	377 - 400
2	4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	255 - 278	377 - 400
1	5	1	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	281 - 327	407 - 450
2	5	1	LEU	LEU	ASN	ASN	B	B	281 - 327	407 - 450
1	1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	0 - 73	125 - 198
2	1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	0 - 73	125 - 198
1	2	2	SER	SER	LEU	LEU	C	C	81 - 155	206 - 281
2	2	2	SER	SER	LEU	LEU	D	D	81 - 155	206 - 281
1	3	2	TYR	TYR	PHE	PHE	C	C	164 - 228	290 - 350
2	3	2	TYR	TYR	PHE	PHE	D	D	164 - 228	290 - 350
1	4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	255 - 278	377 - 400
2	4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	255 - 278	377 - 400
1	5	2	LEU	LEU	ASN	ASN	C	C	281 - 327	407 - 450
2	5	2	LEU	LEU	ASN	ASN	D	D	281 - 327	407 - 450

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histo-aspartic protease / HAP protein / Putative aspartic proteinase 分子量: 51754.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: hap / プラスミド: pET32b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9Y006

#1: タンパク質

Histo-aspartic protease / HAP protein / Putative aspartic proteinase

分子量: 51754.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: hap / プラスミド: pET32b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9Y006

-
非ポリマー , 7種, 530分子

#2: 化合物	ChemComp-K95 / (4R)-N-[(1S,2R)-2-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-3-[(2S,3S)-2-hydroxy-3-{[S-methyl-N-(phenylacetyl)-L-cysteinyl]ami no}-4-phenylbutanoyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide / KNI-10395 タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 704.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₄N₄O₆S₂ / 参照: KNI-10395
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% (v/v) PEG 200, 0.1M Sodium Chloride, 0.1M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 79116 / Num. obs: 79116 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.209 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.1902 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→39.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 20.656 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25187	2712	5 %	RANDOM
R_work	0.17503	-	-	-
obs	0.17882	51509	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10393	0	255	508	11156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	11063
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.982	15021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.366	5	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.119	25.644	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.063	15	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.792	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.769	1.5	6607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.478	2	10804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.301	3	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.808	4.5	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	198	-
R_work	0.245	3750	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1606	0.2748	0.0477	1.2814	0.2703	2.4821	-0.0438	-0.114	0.2337	0.1048	0.0236	0.0498	-0.1973	-0.3551	0.0203	0.0595	0.0453	0.0293	0.1718	-0.0205	0.0658	1.349	-7.161	7.825
2	3.2871	-1.2961	-0.2783	1.6583	-0.1346	2.2603	-0.0014	0.304	0.2698	0.0473	-0.0441	-0.1499	-0.0623	0.1527	0.0455	0.1128	-0.0398	-0.0058	0.1546	0.0327	0.0497	17.428	-12.281	-11.003
3	1.6292	-0.0536	0.5089	0.8115	0.0421	2.8385	0.0024	0.1129	0.136	0.0132	0.0225	-0.0693	-0.2248	0.4158	-0.0248	0.1007	-0.0272	-0.0039	0.2038	0.0255	0.0685	21.079	-9.08	-11.333
4	3.4936	1.5583	0.5062	1.1109	0.3688	0.172	-0.2064	0.304	0.4452	-0.4757	0.1055	0.242	-0.3486	0.0265	0.101	1.1283	-0.0845	-0.2214	0.3169	0.132	0.3038	29.958	22.242	-5.14
5	0.9688	-0.4052	0.4557	2.8819	0.406	2.2477	-0.2311	0.193	0.2378	-0.4324	0.112	0.011	-0.8239	0.3849	0.1191	0.4849	-0.1564	-0.0754	0.2665	0.0035	0.1688	36.666	11.762	7.439
6	1.6658	0.6424	1.4201	1.2397	0.8525	2.5854	-0.152	0.0908	0.1102	-0.1799	0.1071	0.0215	-0.3272	0.286	0.0449	0.1558	-0.03	-0.0078	0.1753	-0.013	0.0546	33.729	-1.684	12.722
7	2.2283	-0.9231	0.2002	1.7436	0.7478	1.2699	-0.0213	0.1173	-0.1177	-0.0651	-0.0366	0.0655	-0.1187	-0.246	0.058	0.0729	0.0444	-0.0205	0.29	-0.067	0.0606	2.581	10.657	40.709
8	4.4873	1.1062	0.2302	1.2236	0.5266	3.3761	0.0042	-0.2281	-0.2137	0.0102	-0.0355	-0.0362	-0.1333	-0.1937	0.0312	0.0911	0.0266	0.0084	0.1747	0.018	0.0401	15.055	13.11	59.895
9	0.9094	-0.5605	0.1413	1.271	0.7029	2.0597	-0.009	-0.0865	-0.0432	-0.0035	0.0804	-0.1259	-0.063	0.1315	-0.0714	0.0966	-0.0002	0.0121	0.2047	-0.0232	0.0707	23.422	9.604	60.061
10	1.8422	-0.387	-0.2247	2.5124	-0.6742	1.2577	0.0281	-0.1536	-0.0437	0.079	0.0018	0.057	-0.0484	-0.1314	-0.03	0.0185	-0.0084	-0.0169	0.1441	0.0163	0.0583	27.342	-23.106	52.999
11	1.7228	1.1417	-0.1289	2.7847	-0.1116	1.0302	-0.0711	0.0182	0.0001	-0.1651	0.0634	-0.0086	0.0687	-0.0344	0.0076	0.0817	0.0234	-0.0155	0.1861	-0.0295	0.0263	35.521	-8.568	35.948
12	0.9408	-0.037	-0.451	1.4983	-0.0728	0.9959	0.0138	-0.0601	0.0725	-0.0296	0.0336	-0.0679	-0.0469	0.0441	-0.0474	0.0677	0.0002	-0.0183	0.1698	-0.0229	0.0212	33.681	0.043	36.45

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	150 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	246 - 327
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	96 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	238 - 327
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	150 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	231 - 327
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	0 - 148
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	149 - 235
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	236 - 327

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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