PDB-3qvh: Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Strep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qvh

タイトル

Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Streptomyces wedmorensis complexed with ADP

要素

FomA protein

キーワード

TRANSFERASE / fosfomycin / antibiotic resistance / phosphoryl transfer / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / glutamate 5-kinase activity / proline biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces wedmorensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical insights into the mechanism of fosfomycin phosphorylation by fosfomycin resistance kinase FomA.
著者: Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qvh.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qvh.ent.gz	89.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qunC 3quoC 3qurC 3qvfC 3d40S 3d41 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3d41-1 5nde-d 6im3-3 6qxp-7 3vt2-6 3h9r-d 3vt2-2 3vsz-5 6euf-4 6qwn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FomA protein

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FomA protein

ヘテロ分子

A: FomA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.670, 87.670, 78.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	FomA protein 分子量: 30876.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア) 遺伝子: fomA, fosfomycin resistance kinase / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56187
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNPROT ENTRY Q56187 IS WRONG AT POSITION 31

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 17 % PEG3350, 25 % glycerol, 0.1 M MES, 10 mM ADP, 50 mM MgCl2 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38079 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38079 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 30430 / Num. obs: 30430 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2851 / R_sym value: 0.539 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D40

3d40

解像度: 1.85→34.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.199 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21329	417	1.5 %	RANDOM
R_work	0.16503	-	-	-
all	0.16568	27860	-	-
obs	0.16568	27860	93.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.948 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.43 Å²	0.71 Å²	0 Å²
2-	-	1.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1940	0	27	169	2136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.044	1.985	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.113	3	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.054	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.143	21.728	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.144	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.974	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.371	1.5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.365	1.5	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.358	2	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.107	3	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.036	4.5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	30	-
R_work	0.246	1688	-
obs	-	1688	77.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5526	-0.035	0.0485	1.0309	-0.1597	1.5301	-0.0158	0.0947	-0.2022	-0.0084	0.0095	-0.0227	0.2777	-0.0184	0.0063	0.0679	-0.0141	0.0147	0.0236	-0.0198	0.0927	-25.3682	16.6812	14.6529
2	1.3691	0.3817	0.0911	0.6958	0.0813	1.2046	-0.0266	0.0533	-0.0536	-0.0252	0.0056	0.0341	0.1651	-0.1502	0.021	0.0416	-0.0179	0.015	0.0235	-0.0068	0.0625	-31.0409	19.3776	19.7574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-8 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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