PDB-3qvc: Crystal structure of histo-aspartic protease (HAP) zymogen from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qvc

タイトル

Crystal structure of histo-aspartic protease (HAP) zymogen from Plasmodium falciparum

要素

Histo-aspartic protease

キーワード

HYDROLASE / Histo-aspartic protease / HAP / Plasmepsin / Aspartic protease / Malaria / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bhaumik, P. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the activation and inhibition of histo-aspartic protease from Plasmodium falciparum.
著者: Bhaumik, P. / Xiao, H. / Hidaka, K. / Gustchina, A. / Kiso, Y. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月30日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qvc.cif.gz	164.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qvc.ent.gz	135.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qvc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qvc_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qvc_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	3qvc_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	3qvc_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qviC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kuc-d 5xyx-d 2b11-1 1di9-d 3rin-d 2zaz-d 2zb0-d 5ra1-d 5r8u-d 5r9q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histo-aspartic protease

ヘテロ分子

52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Histo-aspartic protease

ヘテロ分子

A: Histo-aspartic protease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.490, 68.430, 72.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.84, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histo-aspartic protease / HAP protein / Putative aspartic proteinase 分子量: 51754.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: hap / プラスミド: pET32B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9Y006
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M Tri-potassium citrate, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 38417 / Num. obs: 37803 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.1461 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→36.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 12.521 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23936	1410	5 %	RANDOM
R_work	0.18351	-	-	-
obs	0.1863	26780	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.11 Å²	0 Å²	-1.33 Å²
2-	-	2.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2947	0	20	242	3209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.275	1.969	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.848	5	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.492	25.522	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.906	15	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.627	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.21	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.083	1.5	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.939	2	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.106	3	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.771	4.5	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	102	-
R_work	0.263	1947	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1858	-0.7622	-1.0577	0.3795	0.1396	0.8734	0.0462	0.2395	0.161	-0.0742	-0.0318	0.0556	-0.1066	0.023	-0.0144	0.0827	-0.0058	-0.0438	0.1974	-0.0053	0.0525	5.619	-3.32	-24.917
2	2.0873	0.1404	1.0256	0.977	-0.4524	2.4488	-0.1109	0.1132	0.0119	-0.1573	0.0837	0.1035	-0.0038	-0.2522	0.0272	0.084	0.0052	-0.0864	0.1361	-0.0153	0.0966	-21.148	4.159	-26.693
3	1.7234	-0.7814	0.142	0.8054	0.5683	1.5911	-0.0509	0.045	0.0354	-0.1076	0.0292	-0.0359	-0.1944	0.1407	0.0217	0.1386	-0.0147	-0.0612	0.0889	0.0074	0.0818	1.727	6.37	-13.544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	77P - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	194 - 328

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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