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- PDB-3qus: Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with ATPgS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qus
タイトルCrystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with ATPgS
要素Formate--tetrahydrofolate ligase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / MALEIC ACID / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Formate--tetrahydrofolate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Celeste, L.R. / Chai, G. / Bielak, M. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Strucutre of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with ATPgS
著者: Celeste, L.R. / Chai, G. / Bielak, M. / Minor, W. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
履歴
登録2011年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.32020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct.title / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate--tetrahydrofolate ligase
B: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,85514
ポリマ－119,6722
非ポリマー2,18312
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area37610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.840, 160.840, 256.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Formate--tetrahydrofolate ligase / Formyltetrahydrofolate synthetase / FHS / FTHFS


分子量: 59835.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
遺伝子: fhs, Moorella / プラスミド: pAlter-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Y1 / 参照: UniProt: P21164, formate-tetrahydrofolate ligase

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#5: 化合物 ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50-75 mM Potassium Maleate Buffer pH 7.0-8.0, 1 mM dithiothreitol, 38-46% Ammonium Sulfate, 1-3.5% PEG 1000 or PEG 1450, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→122.405 Å / Num. all: 30394 / Num. obs: 30394 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 17.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.84→2.89 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Num. unique all: 2101 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PZX

3pzx
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.84→122.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.77 / WRfactor Rfree: 0.2399 / WRfactor Rwork: 0.1828 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7801 / SU B: 35.487 / SU ML: 0.32 / SU R Cruickshank DPI: 0.4035 / SU Rfree: 0.4625 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 1486 5 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.221 29484 97.01 %-
all-29484 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.37 Å2 / Biso mean: 26.852 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.18 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→122.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8066 0 130 242 8438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.99211313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46751095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.03224.323310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89151313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8271545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5511.55430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05728640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69732894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9574.52673
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.913 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 120 -
Rwork0.304 2101 -
all-2221 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1618-0.01010.09140.0716-0.00110.12250.02120.01080.0035-0.0024-0.01960.00610.00930.0101-0.00160.07680.00240.00510.08470.00280.1047-30.4606-13.603664.9513
20.1926-0.04780.00070.06310.03040.34220.0190.05840.0369-0.0012-0.03070.01250.0580.07020.01180.0560.02920.0120.13090.01050.0813-26.3843-15.419726.1105
3187.59596.0916-44.592213.3991-10.26416.4875-1.00280.96692.4235-0.1162.22491.07070.3083-1.6765-1.2220.3670.1657-0.13220.45740.11820.1411-27.3282-36.24819.4866
40.2558-0.03070.07830.3877-0.07130.33380.0160.15350.0338-0.0489-0.01030.04260.0011-0.0033-0.00570.0350.0276-0.00460.13020.01320.0748-33.56-10.304816.4941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 557
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3B409 - 412
4X-RAY DIFFRACTION4B413 - 557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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