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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qun | ||||||
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タイトル | Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Streptomyces wedmorensis complexed with MgATP | ||||||
![]() | FomA protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / fosfomycin / antibiotic resistance / phosphoryl transfer / kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / glutamate 5-kinase activity / proline biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical insights into the mechanism of fosfomycin phosphorylation by fosfomycin resistance kinase FomA. 著者: Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 782.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 787.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two-fold axis: y,x,-z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30876.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fomA, fosfomycin resistance kinase / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNPROT ENTRY Q56187 IS WRONG AT POSITION 31 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG3350, 15% glycerol, 0.1M MES, 10mM ATP, 10 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38079 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→40 Å / Num. all: 26774 / Num. obs: 26774 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2724 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3D40 解像度: 1.87→23.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.518 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.874 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→23.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
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