PDB-3quf: The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3quf

タイトル

The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis

要素

Extracellular solute-binding protein, family 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3quf.cif.gz	347.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3quf.ent.gz	281.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3quf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3quf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3quf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ds6-2 4f9w-d 3kee-2 2puu-d 1yw2-d 3kee-1 5aq9-3 4lop-1 3iw6-d 3obj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC102125

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (4)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (4)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein, family 1

B: Extracellular solute-binding protein, family 1

ヘテロ分子

92.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extracellular solute-binding protein, family 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extracellular solute-binding protein, family 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.532, 105.095, 145.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein, family 1 分子量: 45734.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 (バクテリア) 株: ATCC 15697 / 遺伝子: Blon_0375 / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7GMZ0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2.5M ammonium sulfate, 1/10 papain, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935, 0.97921

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月11日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97935	1
2	0.97921	1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 27.81 / 数: 434178 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 2.14 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 95082 / % possible obs: 98.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.34	50	98.8	1	0.06	6.723	4.4
3.45	4.34	99.4	1	0.055	4.646	4.4
3.01	3.45	99.4	1	0.067	4.533	4.5
2.74	3.01	99.3	1	0.077	3.913	4.6
2.54	2.74	99.1	1	0.084	3.274	4.6
2.39	2.54	98.9	1	0.086	2.676	4.6
2.27	2.39	98.8	1	0.089	2.307	4.6
2.17	2.27	98.6	1	0.095	1.988	4.6
2.09	2.17	98.3	1	0.105	1.789	4.6
2.02	2.09	98.3	1	0.115	1.552	4.6
1.95	2.02	98	1	0.141	1.381	4.7
1.9	1.95	97.9	1	0.162	1.227	4.6
1.85	1.9	97.8	1	0.196	1.074	4.7
1.8	1.85	97.6	1	0.241	0.991	4.7
1.76	1.8	97.4	1	0.273	0.869	4.7
1.72	1.76	97.4	1	0.333	0.822	4.7
1.69	1.72	97.3	1	0.411	0.78	4.6
1.66	1.69	96.9	1	0.482	0.763	4.6
1.63	1.66	96.8	1	0.527	0.735	4.5
1.6	1.63	95	1	0.582	0.684	4.2

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 95082 / Num. obs: 95082 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 2.144 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	4.2	0.582	4569	0.684	95
1.63-1.66	4.5	0.527	4642	0.735	96.8
1.66-1.69	4.6	0.482	4648	0.763	96.9
1.69-1.72	4.6	0.411	4690	0.78	97.3
1.72-1.76	4.7	0.333	4637	0.822	97.4
1.76-1.8	4.7	0.273	4680	0.869	97.4
1.8-1.85	4.7	0.241	4711	0.991	97.6
1.85-1.9	4.7	0.196	4704	1.074	97.8
1.9-1.95	4.6	0.162	4701	1.227	97.9
1.95-2.02	4.7	0.141	4767	1.381	98
2.02-2.09	4.6	0.115	4727	1.552	98.3
2.09-2.17	4.6	0.105	4752	1.789	98.3
2.17-2.27	4.6	0.095	4765	1.988	98.6
2.27-2.39	4.6	0.089	4801	2.307	98.8
2.39-2.54	4.6	0.086	4795	2.676	98.9
2.54-2.74	4.6	0.084	4821	3.274	99.1
2.74-3.01	4.6	0.077	4843	3.913	99.3
3.01-3.45	4.5	0.067	4868	4.533	99.4
3.45-4.34	4.4	0.055	4899	4.646	99.4
4.34-50	4.4	0.06	5062	6.723	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.415 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0.222 / 反射: 79496 / Reflection acentric: 74507 / Reflection centric: 4989

Phasing MAD set

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.77	1	0.4	0.3	0	0	74507	4989
2	0.95	0.91	30.6	42.1	0.53	0.44	57767	4228

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.99-50	1.47	1	0.8	0.4	0	0	228	109
1	6.17-10.99	1.55	1	0.8	0.5	0	0	1219	267
1	4.29-6.17	1.31	1	0.7	0.5	0	0	3040	427
1	3.29-4.29	1.17	1	0.6	0.5	0	0	5672	569
1	2.67-3.29	1.67	1	0.5	0.3	0	0	9143	714
1	2.24-2.67	1.9	1	0.4	0.2	0	0	13353	851
1	1.93-2.24	1.97	1	0.3	0.2	0	0	18411	975
1	1.7-1.93	2.53	1	0.3	0.1	0	0	23441	1077
2	10.99-50	0.99	0.98	66.5	70.6	0.7	0.67	227	107
2	6.17-10.99	0.89	0.84	46.9	51.2	0.91	0.69	1219	262
2	4.29-6.17	0.92	0.84	47.5	52.6	0.73	0.64	3040	424
2	3.29-4.29	0.94	0.89	47.3	56.7	0.56	0.44	5670	567
2	2.67-3.29	0.94	0.9	34.8	44.6	0.58	0.4	9139	714
2	2.24-2.67	0.94	0.91	25.3	32.7	0.57	0.41	13345	851
2	1.93-2.24	0.97	0.97	24.6	32.6	0.41	0.28	18401	975
2	1.7-1.93	0.99	1	26.3	34.6	0.3	0.2	6726	328

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	30.9057	-0.214	-0.551	-0.052	4.662	0
2	27.7396	-0.444	-0.731	-0.102	4.917	0
3	36.8143	-0.103	-0.786	-0.107	4.338	0
4	26.0222	-0.213	-0.515	-0.16	3.658	0
5	31.6195	-0.307	-0.656	-0.09	3.826	0
6	27.2276	-0.398	-0.614	-0.074	3.237	0
7	67.0881	0.164	-0.605	-0.078	3.479	0
8	33.2924	-0.089	-0.64	-0.209	2.966	0
9	34.6682	0.09	-0.508	-0.119	2.929	0
10	29.1757	-0.165	-0.513	-0.225	2.345	0
11	36.8907	-0.069	-0.819	-0.019	2.079	0
12	33.256	-0.273	-0.412	-0.201	1.092	0
13	29.2621	-0.214	-0.551	-0.053	2.783	-0.164
14	25.534	-0.444	-0.73	-0.102	2.731	-0.164
15	37.0216	-0.104	-0.786	-0.107	2.367	-0.14
16	23.985	-0.212	-0.515	-0.16	2.218	-0.122
17	40.3171	-0.308	-0.656	-0.09	1.726	-0.116
18	26.1019	-0.398	-0.613	-0.074	1.767	-0.082
19	91.8271	0.165	-0.605	-0.077	2.344	-0.166
20	32.2277	-0.089	-0.64	-0.209	1.698	-0.083
21	32.4048	0.09	-0.507	-0.119	1.516	-0.089
22	20.5854	-0.166	-0.513	-0.224	1.171	-0.086
23	57.1746	-0.069	-0.821	-0.019	1.536	-0.133
24	23.3614	-0.273	-0.412	-0.201	0.708	-0.035

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.99-50	0.383	0.454	0.234	337	228	109
6.17-10.99	0.613	0.667	0.37	1486	1219	267
4.29-6.17	0.644	0.679	0.39	3467	3040	427
3.29-4.29	0.579	0.606	0.317	6241	5672	569
2.67-3.29	0.572	0.593	0.308	9857	9143	714
2.24-2.67	0.53	0.546	0.268	14204	13353	851
1.93-2.24	0.394	0.406	0.163	19386	18411	975
1.7-1.93	0.217	0.226	0.028	24518	23441	1077

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 79496

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.21-100	56.2	0.479	559
6.52-9.21	47.6	0.906	986
5.32-6.52	44	0.923	1273
4.61-5.32	43.5	0.939	1462
4.12-4.61	43.9	0.952	1667
3.76-4.12	46.4	0.946	1801
3.48-3.76	49.3	0.936	1996
3.26-3.48	51.4	0.928	2098
3.07-3.26	48.8	0.924	2257
2.91-3.07	48.1	0.918	2358
2.78-2.91	48.9	0.915	2467
2.66-2.78	50.8	0.919	2591
2.56-2.66	47.4	0.912	2671
2.46-2.56	48.4	0.911	2780
2.38-2.46	50.4	0.915	2892
2.3-2.38	50.4	0.916	2952
2.23-2.3	52.9	0.908	3090
2.17-2.23	53.4	0.912	3154
2.11-2.17	56.9	0.916	3233
2.06-2.11	59	0.909	3318
2.01-2.06	59.8	0.913	3391
1.96-2.01	61.8	0.908	3459
1.92-1.96	62.9	0.904	3520
1.88-1.92	62	0.905	3600
1.84-1.88	68.9	0.902	3703
1.81-1.84	70.5	0.901	3769
1.77-1.81	72.4	0.901	3787
1.74-1.77	74.4	0.89	3832
1.7-1.74	76.6	0.855	4830

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→48.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.742 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.096
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1804	3974	5 %	RANDOM
R_work	0.1509	-	-	-
all	0.1523	79400	-	-
obs	0.1523	79400	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.3 Å² / B_iso mean: 24.077 Å² / B_iso min: 4.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5996	0	33	825	6854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	1.952	8577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	10553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.244	5	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.17	25.986	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.703	15	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.918	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	1.5	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.267	1.5	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.743	2	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.879	3	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.748	4.5	2298

LS精密化シェル

解像度: 1.702→1.747 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	258	-
R_work	0.203	5198	-
all	-	5456	-
obs	-	-	92.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2343	0.1575	-0.0772	0.919	0.1695	1.17	0.0202	-0.0316	-0.0114	0.1107	0.0078	-0.0555	-0.0047	0.0641	-0.028	0.0165	0.0065	-0.0086	0.0324	0.0079	0.0359	31.7157	1.3849	39.1053
2	0.5168	-0.0394	-0.1449	0.3158	-0.0191	0.5939	-0.0071	-0.0335	0.031	-0.0338	0.0008	0.0311	-0.091	-0.0061	0.0063	0.032	0.0135	-0.0126	0.0119	-0.0054	0.0261	22.3676	21.8896	11.8394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 420
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	32 - 421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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