+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaomicron, asp11asn mutant | ||||||
要素 | INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PYROPHOSPHATASE / MAGNESIUM BIN NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / PSI-2 / Protein Structure Initiative / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Patskovsky, Y. / Huang, H. / Toro, R. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Divergence of Structure and Function in the Haloacid Dehalogenase Enzyme Superfamily: Bacteroides thetaiotaomicron BT2127 Is an Inorganic Pyrophosphatase. 著者: Huang, H. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Farelli, J.D. / Pandya, C. / Almo, S.C. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qu5.cif.gz | 225.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3qu5.ent.gz | 180.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qu5_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3qu5_full_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qu5_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qu5_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3qu2SC 3qu4C 3qu7C 3qu9C 3qubC 3qucC 3quqC 3qutC 3qx7C 3qxgC 3qypC 3r9kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27006.889 Da / 分子数: 2 / 変異: D11N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_2127 / 参照: UniProt: Q8A5V9, inorganic diphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS, PH 6.5, 25% PEG3350, 200MM MAGNESIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9786 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→40 Å / Num. obs: 129987 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 68.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3QU2 解像度: 1.24→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.489 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.346 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
|