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- PDB-3qtm: Structure of S. pombe nuclear import adaptor Nro1 (Space group P21) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qtm
タイトルStructure of S. pombe nuclear import adaptor Nro1 (Space group P21)
要素Uncharacterized protein C4B3.07
キーワードTRANSLATION / Tetratricopeptide repeat / Enhancer of translation termination
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of SREBP signaling pathway / cation binding / SREBP signaling pathway / enzyme inhibitor activity / regulation of translation / cellular response to hypoxia / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Negative regulator of Ofd1/Enhancer of translation termination 1 / : / Nuclear pore complex subunit Nro1 / Negative regulator of ofd1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator of ofd1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rispal, D. / Henri, J. / van Tilbeurgh, H. / Graille, M. / Seraphin, B.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: Structural and functional analysis of Nro1/Ett1: a protein involved in translation termination in S. cerevisiae and in O2-mediated gene control in S. pombe
著者: Rispal, D. / Henri, J. / van Tilbeurgh, H. / Graille, M. / Seraphin, B.
履歴
登録2011年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein C4B3.07
B: Uncharacterized protein C4B3.07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0829
ポリマ－79,6332
非ポリマー4497
水10,215567
1
A: Uncharacterized protein C4B3.07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0104
ポリマ－39,8171
非ポリマー1943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein C4B3.07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0725
ポリマ－39,8171
非ポリマー2564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.930, 107.840, 101.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein C4B3.07


分子量: 39816.574 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 56-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPCC4B3.07 / プラスミド: pET21-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q9USJ7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 1.6M ammonium sulphate, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791, 0.97946, 0.95373
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979461
30.953731
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 55704 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.3 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→39.9 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 2827 5.08 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
all0.1797 56083 --
obs0.1797 55668 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.117 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0667 Å2-0 Å2-0.3967 Å2
2---1.8982 Å2-0 Å2
3---1.965 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5285 0 24 567 5876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.917383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9491955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1501-2.18720.28031150.22952265X-RAY DIFFRACTION86
2.1872-2.22690.28331420.21492677X-RAY DIFFRACTION100
2.2269-2.26980.25171520.21182605X-RAY DIFFRACTION100
2.2698-2.31610.26761430.19672688X-RAY DIFFRACTION100
2.3161-2.36640.22791340.18412648X-RAY DIFFRACTION100
2.3664-2.42150.25831310.18572651X-RAY DIFFRACTION100
2.4215-2.4820.22751480.18562651X-RAY DIFFRACTION100
2.482-2.54910.2281470.18272661X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.62410.25371300.18572655X-RAY DIFFRACTION100
2.6241-2.70880.2371260.18612696X-RAY DIFFRACTION100
2.7088-2.80560.24841310.19052646X-RAY DIFFRACTION100
2.8056-2.91790.21021590.18962652X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.05070.25661330.18832681X-RAY DIFFRACTION100
3.0507-3.21140.21821630.18422615X-RAY DIFFRACTION100
3.2114-3.41250.19821490.17152644X-RAY DIFFRACTION100
3.4125-3.67580.18611700.15142646X-RAY DIFFRACTION100
3.6758-4.04540.18191330.14892698X-RAY DIFFRACTION100
4.0454-4.63010.18421470.1462648X-RAY DIFFRACTION100
4.6301-5.83050.18441500.17362687X-RAY DIFFRACTION100
5.8305-39.90690.17991240.17652727X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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