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- PDB-3qtd: Crystal structure of putative modulator of gyrase (PmbA) from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qtd
タイトルCrystal structure of putative modulator of gyrase (PmbA) from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素PmbA protein
キーワードGENE REGULATION / putative modulator of gyrase (PmbA) / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
PmbA/TldD fold / PmbA/TldD superfamily / Metalloprotease TldD/E, N-terminal domain / Metalloprotease TldD/PmbA, N-terminal / Metalloprotease TldD/PmbA superfamily / Metalloprotease TldD/E, C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, central domain / : / PmbA/TldA metallopeptidase domain 1 / PmbA/TldA metallopeptidase C-terminal domain ...PmbA/TldD fold / PmbA/TldD superfamily / Metalloprotease TldD/E, N-terminal domain / Metalloprotease TldD/PmbA, N-terminal / Metalloprotease TldD/PmbA superfamily / Metalloprotease TldD/E, C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, central domain / : / PmbA/TldA metallopeptidase domain 1 / PmbA/TldA metallopeptidase C-terminal domain / PmbA/TldA metallopeptidase central domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative modulator of gyrase (PmbA) from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PmbA protein
B: PmbA protein
C: PmbA protein
D: PmbA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,17613
ポリマ－193,3474
非ポリマー8299
水6,395355
1
A: PmbA protein
ヘテロ分子

D: PmbA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1347
ポリマ－96,6742
非ポリマー4605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y+1/2,-z+3/21
Buried area3890 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area35380 Å2
手法PISA
2
B: PmbA protein
C: PmbA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0426
ポリマ－96,6742
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area35460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.385, 116.201, 253.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 9 - 448 / Label seq-ID: 9 - 448

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
PmbA protein / Putative modulator of gyrase


分子量: 48336.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4472, pmbA, PmbA_TldD / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9HVU9
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Mg Formate, 20% P3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 56209 / Num. obs: 56209 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rsym value: 0.171 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2777 / Rsym value: 0.731 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
直接法モデル構築
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.6.0070精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 30.517 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27863 2830 5.1 %RANDOM
Rwork0.22461 ---
all0.22742 53114 --
obs0.22742 53114 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.41 Å20 Å20 Å2
2--5.08 Å20 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13195 0 54 355 13604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02113464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.95618217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.335321883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16251762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41622.997614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.98152107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.26615135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022882
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A2577tight positional0.110.05
B2577tight positional0.130.05
C2577tight positional0.110.05
D2577tight positional0.110.05
A2927loose positional0.325
B2927loose positional0.285
C2927loose positional0.35
D2927loose positional0.225
A2577tight thermal3.810.5
B2577tight thermal3.720.5
C2577tight thermal3.460.5
D2577tight thermal3.820.5
A2927loose thermal5.6110
B2927loose thermal5.9210
C2927loose thermal5.6410
D2927loose thermal5.8810
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 211 -
Rwork0.331 3706 -
obs--93.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32070.0876-0.09050.4329-0.02750.7565-0.01370.0772-0.03360.05280.00440.0534-0.01660.14170.00940.0661-0.00440.01370.0564-0.01150.027743.53346.532159.042
20.30570.12350.35550.37550.07610.4286-0.0047-0.05320.0044-0.0213-0.0088-0.0644-0.0087-0.06690.01350.0929-0.0083-0.00060.0220.01870.054325.86211.76146.84
30.28760.1429-0.40930.3595-0.0860.86850.0311-0.0063-0.02030.0054-0.02540.03820.07160.0122-0.00560.1313-0.0091-0.00790.0450.03440.08437.41-10.369160.864
40.7174-0.22220.44130.4564-0.24721.2077-0.0060.09280.03840.0198-0.02580.0234-0.1352-0.02260.03170.1147-0.0024-0.00480.03570.02050.056437.3710.688207.889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 448
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 448
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 448
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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