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- PDB-3qt1: RNA polymerase II variant containing A Chimeric RPB9-C11 subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qt1
タイトルRNA polymerase II variant containing A Chimeric RPB9-C11 subunit
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION COMPLEX / RNA POLYMERASE II / ELONGATION / mRNA CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / mRNA processing / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 ...Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Ruan, W. / Lehmann, E. / Thomm, M. / Kostrewa, D. / Cramer, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Evolution of two modes of intrinsic RNA polymerase transcript cleavage.
著者: Ruan, W. / Lehmann, E. / Thomm, M. / Kostrewa, D. / Cramer, P.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9, DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,53720
ポリマ－515,05512
非ポリマー4828
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61600 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area156190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)222.380, 393.380, 281.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RPB1 / RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III ...RPB1 / RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / B150 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RPB3 / RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA ...RPB3 / RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / B32 / DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide


分子量: 25205.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / B16


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9, DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / ...RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / C11


分子量: 15450.333 Da / 分子数: 1
Fragment: RPB9 (UNP RESIDUES 1-86), C11 (UNP RESIDUES 87-113)
由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERIC PROTEIN CONSISTING OF RPB9 (N-TERMINAL DOMAIN, residues 1-87) FROM RNA POLYMERASE II AND C11 (C-TERMINAL DOMAIN, residuyes 85-110) FROM RNA POLYMERASE III
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPB9, YGL070C / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P27999, UniProt: Q04307, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / B13.6 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RPB5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / II ...RPB5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RPB6 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / II ...RPB6 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RPB8 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA ...RPB8 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RPB10 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA ...RPB10 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RPB12 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#13: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#14: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 5-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2664 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月15日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→48.657 Å / Num. all: 313148 / Num. obs: 313148 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 %
反射 シェル解像度: 4.3→4.4 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6065 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.3→48.6 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2022 2.45 %RANDOM
Rwork0.2352 ---
all0.2363 313148 --
obs0.2363 313148 98.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 102.308 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.0173 Å2-0 Å20 Å2
2---28.1785 Å20 Å2
3---45.1958 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30527 0 8 0 30535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09941959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.69411846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0754718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
4.3-4.40750.3131520.2879569799
4.4075-4.52650.35611380.282573199
4.5265-4.65960.33471560.2774565098
4.6596-4.80990.3141380.2579570698
4.8099-4.98170.27541570.2396569899
4.9817-5.18090.23341480.2261571399
5.1809-5.41640.25631240.227576399
5.4164-5.70160.29761340.2184575699
5.7016-6.05820.28571380.2173578799
6.0582-6.52490.27081580.2056575799
6.5249-7.17970.26681480.188578799
7.1797-8.21430.22871430.1598580499
8.2143-10.33280.18241520.1376576898
10.3328-48.66050.24491360.2272588096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0578-0.2039-0.220.7741-0.14680.33730.07060.1140.23860.1139-0.07410.00310.0227-0.0472-0.00010.2041-0.0152-0.0020.42620.0450.4356109.022249.5756133.0939
20.84-0.32720.361.1224-0.1312-0.05830.061-0.06260.5388-0.0248-0.0068-0.3612-0.0519-0.01290.00080.1905-0.06730.1210.28550.17180.8913124.464277.2334136.0605
30.2876-0.5906-0.05050.6573-0.4852-0.06090.0129-0.10060.24330.3461-0.02080.6281-0.0413-0.0645-0.00050.75760.08070.25960.5012-0.13210.988878.671752.1852153.6247
41.1505-0.10490.18230.52470.3720.3860.23220.390.8135-0.0625-0.0391-0.39130.4121-0.44890.11180.2640.1253-0.21910.4869-0.0392-0.1063110.3437.3547113.6577
50.65880.32070.45990.21850.02660.0769-0.3388-0.25440.40510.68290.09590.03490.29950.1125-0.22371.1795-0.01820.41350.78130.0398-0.6363110.219415.9118177.5095
60.13740.11180.13410.17540.05140.1479-0.4245-0.05980.51480.42120.56080.5229-0.83160.1676-0.00770.92810.01570.1921.11650.04570.3839130.357737.828383.2866
70.44090.016-0.03230.56650.38050.30690.17370.4883-1.0269-0.2470.1288-0.33650.36670.52440.02020.73020.16080.10211.23850.010.447139.761726.03371.3672
80.74010.09950.56530.1806-0.05230.4282-0.15040.13380.6147-0.5857-0.09780.1056-0.06750.17330.00020.5614-0.02640.15710.55040.46541.7141127.767393.0844115.4707
90.28060.0589-0.01690.17740.2080.24820.2134-0.05740.45610.2884-0.2074-0.541-0.02350.6170.00010.55010.05520.03640.55790.07090.6861139.982435.4591123.6655
100.136-0.0526-0.03620.01870.01210.07950.6226-0.13-0.2183-0.29560.40220.22470.17560.09870.0010.5995-0.1023-0.05480.8928-0.01951.2141140.2245.721117.554
110.2362-0.2195-0.05410.40930.33750.29-0.0130.09220.49880.7419-0.55390.31490.29720.2043-0.00870.49340.3765-0.02250.91220.19680.3082134.23429.020397.4222
120.2593-0.0259-0.14550.05530.03050.205-0.2078-0.14950.04620.3251-0.46830.3904-0.02650.2195-0.00790.4780.2110.05760.6441-0.21640.2879120.014218.27966.0888
130.2266-0.03190.0270.0719-0.04030.0653-0.0994-0.1870.04670.08630.19230.1146-0.17060.006501.6387-0.1287-0.74031.34540.05321.102151.402451.8689178.7626
14-0.0002-0.0042-0.00190.00340.0003-0.00210.01480.1277-0.20860.10980.2923-0.14640.12190.074101.6261-0.3339-0.54251.855-0.06441.7703158.950450.9594175.0466
150.07080.0197-0.0090.0894-0.04380.00780.07950.06660.50240.0612-0.6617-0.29470.27140.0331-0.00050.59930.17280.29330.5947-0.11972.184468.9216110.5076137.308
160.24820.2555-0.08220.293-0.07280.09750.03060.59060.179-0.5536-0.04130.13250.3415-0.1153-0.04361.59260.28470.49190.81340.0168-0.017591.921125.0695182.3862
170.1074-0.023-0.08880.0741-0.06370.1540.15550.0287-0.2737-0.0177-0.0002-0.173-0.30110.45740.0011.5526-0.10630.57690.91770.15930.906189.327326.7177173.7517
180.13410.01440.03710.26790.1680.10820.00420.1496-0.34340.08680.3324-0.3362-0.03450.07990.00731.08070.1835-0.30020.91980.21950.2963131.559917.024169.4219
19-0.0010.00680.01030.04120.04850.03840.1533-0.02890.23260.5142-0.46281.25970.9156-0.2919-0.00020.8474-0.28040.14261.01540.18321.612275.4579.8807150.0662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 2:825
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 826:1455
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resseq 20:1103
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resseq 1104:1224
5X-RAY DIFFRACTION5chain C
6X-RAY DIFFRACTION6chain D and resseq 4:66
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and resseq 67:221
8X-RAY DIFFRACTION8chain E
9X-RAY DIFFRACTION9chain F and resseq 72:130
10X-RAY DIFFRACTION10chain F and resseq 131:155
11X-RAY DIFFRACTION11chain G and resseq 1:80
12X-RAY DIFFRACTION12chain G and resseq 81:171
13X-RAY DIFFRACTION13chain H and resseq 2:128
14X-RAY DIFFRACTION14chain H and resseq 129:146
15X-RAY DIFFRACTION15chain I and resseq 1:48
16X-RAY DIFFRACTION16chain J and resseq 1:40
17X-RAY DIFFRACTION17chain J and resseq 41:65
18X-RAY DIFFRACTION18chain K
19X-RAY DIFFRACTION19chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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