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- PDB-3qsy: Recognition of the methionylated initiator tRNA by the translatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsy
タイトルRecognition of the methionylated initiator tRNA by the translation initiation factor 2 in Archaea
要素
  • Translation initiation factor 2 subunit alpha
  • Translation initiation factor 2 subunit gamma
  • tRNA
キーワードTRANSLATION/RNA / translation initiation / archaea / e/aIF2 / tRNAi / G-protein / GTP Binding / Met-tRNAi Binding / Ribosome Binding / mRNA Binding / Ribosome / TRANSLATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / translational initiation / ribosome binding / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 ...EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / S1 domain profile. / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / METHIONINE / : / RNA / RNA (> 10) / Translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nikonov, O.S. / Stolboushkina, E.A. / Zelinskaya, N.V. / Nikulin, A.D. / Garber, M.B. / Nikonov, S.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the archaeal translation initiation factor 2 in complex with a GTP analogue and Met-tRNAf(Met.)
著者: Stolboushkina, E. / Nikonov, S. / Zelinskaya, N. / Arkhipova, V. / Nikulin, A. / Garber, M. / Nikonov, O.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
B: Translation initiation factor 2 subunit alpha
D: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2015
ポリマ－80,5293
非ポリマー6712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area44320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.680, 93.680, 220.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 subunit gamma / aIF2-gamma / eIF-2-gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980A5
#2: タンパク質 Translation initiation factor 2 subunit alpha / aIF2-alpha / eIF-2-alpha


分子量: 9893.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: domain 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Z79
#3: RNA鎖 tRNA


分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Met-tRNAi from Escherichia coli(unmodified bases) / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 312135
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 45% ammonium sulphate, 30mM Tris-HCl, 5mM MES, 7mM MgCl2, 0.5mM DTT, 0.2mM GDPNP, 300mM NDSB 195, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 198.3 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3→25 Å / Num. all: 23160 / Num. obs: 23068 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3-3.1199.9
3.1-3.15199.9
3.15-3.21100
3.2-3.25199.8
3.25-3.31100
3.3-3.41100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AHO

2aho


解像度: 3.2→14.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 39.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3025 940 5.32 %RANDOM
Rwork0.2783 16744 --
obs0.2786 17676 93.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 128.162 Å2 / ksol: 0.138 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 544.83 Å2 / Biso mean: 129.8513 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--54.4318 Å20 Å20 Å2
2---54.4318 Å20 Å2
3---108.8636 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→14.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3914 1639 40 0 5593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3078298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9682449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2004-3.36730.34551300.30242251238185
3.3673-3.57550.32221330.25762284241786
3.5755-3.8470.31491150.27692278239386
3.847-4.2260.30091470.28422326247387
4.226-4.8190.31311390.28992415255490
4.819-6.00340.30151210.29682539266093
6.0034-14.80920.27891340.25852651278593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02930.0060.00310.0165-0.03480.04780.13020.0175-0.042-0.0688-0.03960.00790.02420.06060.1191-0.009-0.1728-0.14630.00050.0430.040429.0436-16.764710.0304
20.03-0.0009-0.0290.01710.0210.04330.07410.06870.0058-0.0395-0.14030.03280.00260.055-0.0240.12980.0203-0.04690.16960.07680.172825.9517-7.518619.5164
30.1084-0.0499-0.00020.03270.00970.0244-0.0147-0.0241-0.0128-0.0011-0.01380.0216-0.0390.0369-0.02250.0380.0252-0.10090.01660.11890.203819.3892-14.517226.698
40.02410.02460.02760.01450.01360.06390.0929-0.02790.00590.01260.05410.0673-0.11790.0440.0580.3127-0.2930.0820.17480.10340.243132.875910.570715.3915
5-0.00230.0054-0.00240.02820.01110.0249-0.00370.02820.0183-0.03140.07690.0068-0.0036-0.00270.07480.1370.1760.069-0.0232-0.05410.054230.141922.871418.9469
60.008-0.0224-0.03210.05240.0060.06690.06350.0321-0.0011-0.0898-0.0017-0.0045-0.0922-0.02710.06660.1215-0.0187-0.03640.20530.02570.086929.059616.379222.2211
70.0323-0.004-0.01070.01850.03330.02880.04340.0691-0.02630.09190.1712-0.02030.10660.05510.1359-0.00770.031-0.2480.1549-0.07160.011116.443214.436238.1217
80.07170.0752-0.09080.1354-0.03280.17370.0365-0.0017-0.0174-0.03080.0622-0.0323-0.0559-0.01750.08840.272-0.0121-0.07810.1263-0.0990.292455.252233.953124.1529
90.00040.00140.0009-0.0001-0.00070.0018-0.01450.00820.0011-0.0046-0.01720.0002-0.03310.005400.4879-0.0257-0.05470.5143-0.18350.417351.086233.29548.9373
100.01060.02570.00870.06040.01610.04490.012-0.08930.00250.0502-0.0520.00920.0258-0.0973-0.02320.114-0.00050.00350.150.01310.072361.88229.930120.3065
110.00230.0057-00.0157-0.00050.00020.0009-0.00870.0110.00810.00570.0007-0.0175-0.00590.0060.10240.0008-0.01490.1123-0.02550.099874.40532.633821.5625
120.0309-0.00650.01610.0177-0.01360.01610.04340.0121-0.01640.04670.03650.0055-0.00490.0170.02460.27490.040.05660.055-0.06170.178756.753241.094919.7819
130.03170.02050.00960.00540.00210.1906-0.10540.01780.03790.01040.0203-0.0121-0.11290.0505-0.02660.2820.0162-0.15320.2481-0.0370.618744.425220.721342.4956
140.0007-0.0008-0.0007-0.0007-0.00350.00030.0131-0.01450.00060.09260.03320.0129-0.0089-0.00310.00010.45070.0228-0.07830.2369-0.05220.318423.91315.826168.7667
150.0011-0.00020.0005-0.0002-0.0011-0.00030.0050.0087-0.01320.02680.01820.0039-0.0351-0.0153-00.7496-0.0341-0.11580.7304-0.00960.60823.529318.650763.2442
160.06260.02910.01560.03560.04110.0876-0.0489-0.0990.04550.07350.0279-0.01680.086-0.0511-0.02520.18530.06180.05350.16860.06230.333357.302319.734546.9014
170.00040.00250.00630.0624-0.06620.0796-0.0315-0.01750.0179-0.0584-0.0747-0.0505-0.06210.0009-0.08460.2243-0.00590.10630.15790.00030.123231.69054.060533.2936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:81 )A1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 82:127 )A82 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 128:198 )A128 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 199:238 )A199 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 239:278 )A239 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 279:338 )A279 - 338
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 339:415 )A339 - 415
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 176:190 )B176 - 190
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 191:207 )B191 - 207
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 208:231 )B208 - 231
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 232:237 )B232 - 237
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 238:264 )B238 - 264
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 1:24 )D1 - 24
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 25:34 )D25 - 34
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 35:44 )D35 - 44
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 45:69 )D45 - 69
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 70:77 )D70 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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