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万見
- PDB-3qsr: Crystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsr
タイトルCrystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase TVAG_497370 gene (Ile-45 variant)
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Salgado-Lugo, H. / Brieba, L.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase TVAG_497370 gene
著者: Salgado-Lugo, H. / Lara-Gonzalez, S. / Brieba, L.G.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8342
ポリマ－27,8111
非ポリマー231
水3,279182
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6684
ポリマ－55,6222
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.820, 55.750, 103.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-277-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase


分子量: 27810.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_497370 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star rossetaII / 参照: UniProt: A2EGX9
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium acetate; 0.1 M Sodium cacodylate; 18 % PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.014 Å / Num. all: 15748 / Num. obs: 15748 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.05-2.166.70.4331.71348520030.43379.4
2.16-2.296.60.3971.91230918520.39777.4
2.29-2.456.60.2433.11480122420.24399
2.45-2.656.60.1953.91392221080.19599.7
2.65-2.96.80.12861095416000.12881.6
2.9-3.247.20.0868.81273217730.08699.9
3.24-3.747.50.05813929412340.05877.9
3.74-4.587.60.04515.6917912120.04588.6
4.58-6.487.40.04513.7797310750.045100
6.48-38.0146.80.02723.743956490.02799.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 29.09 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.01 Å
Translation2.5 Å38.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→35.853 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 999 6.36 %Random
Rwork0.1758 ---
obs0.1788 15712 88.72 %-
all-17710 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.198 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 58.6 Å2 / Biso mean: 19.7753 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4747 Å2-0 Å20 Å2
2---1.5444 Å2-0 Å2
3---4.0191 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 1 182 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9352614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.218686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0501-2.15820.31281250.225518371962183779
2.1582-2.29330.291210.205117881909178878
2.2933-2.47040.25781580.172323142472231499
2.4704-2.71890.2261350.180519892124198985
2.7189-3.11210.23751610.18237325342373100
3.1121-3.92020.18921310.163719362067193685
3.9202-35.85890.1861680.1628247626442476100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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