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- PDB-3qrx: Chlamydomonas reinhardtii centrin bound to melittin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qrx
タイトルChlamydomonas reinhardtii centrin bound to melittin
要素
  • Centrin
  • Melittin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TOXIN / calcium-binding / EF-hand / cell division / calcium binding / METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inner dynein arm / dynein heavy chain binding / other organism cell membrane / porin activity / molecular function inhibitor activity / pore complex / protein kinase inhibitor activity / monoatomic ion transport / centriole / toxin activity ...inner dynein arm / dynein heavy chain binding / other organism cell membrane / porin activity / molecular function inhibitor activity / pore complex / protein kinase inhibitor activity / monoatomic ion transport / centriole / toxin activity / killing of cells of another organism / cell division / lipid binding / calcium ion binding / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Melittin/ Api allergen / Melittin / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Melittin/ Api allergen / Melittin / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caltractin / Melittin / Caltractin
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schreiter, E.R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: The structure, molecular dynamics, and energetics of centrin-melittin complex.
著者: Sosa Ldel, V. / Alfaro, E. / Santiago, J. / Narvaez, D. / Rosado, M.C. / Rodriguez, A. / Gomez, A.M. / Schreiter, E.R. / Pastrana-Rios, B.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Derived calculations
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrin
B: Melittin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5026
ポリマ－22,3412
非ポリマー1604
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
2
A: Centrin
B: Melittin
ヘテロ分子

A: Centrin
B: Melittin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,00412
ポリマ－44,6834
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.104, 114.426, 34.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Centrin


分子量: 19488.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: VFL2, CHLREDRAFT_159554 / プラスミド: pT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8JC40, UniProt: P05434*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Melittin / Allergen Api m 3 / Allergen Api m III


分子量: 2852.487 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 44-69 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized peptide corresponding to amino acids 44-69 of honey bee melittin
参照: UniProt: P01501
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 ...詳細: 2 L of the Crcen-MLT (1:1.5 molar ratio, 10mg/mL total) solution with 2 L of a precipitant solution containing 50 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M KCl, and 40% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 10620 / Num. obs: 10334 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CDM

1cdm


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 8.828 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34074 522 4.8 %RANDOM
Rwork0.29124 ---
all0.29364 10620 --
obs0.29364 10334 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å2-0 Å2
3---2.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1293 0 4 31 1328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.9871745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00432206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3735163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64825.84665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.75115260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.062159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0951.5814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2381.5337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97821302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9383489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0844.5443
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 34 -
Rwork0.342 728 -
obs--95.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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