PDB-3qrh: Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qrh

タイトル

Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon Cuniculi, bound to glyceraldehyde 3-phosphate

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / SSGCID / Encephalitozoon Cuniculi / aldolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon Cuniculi, bound to glyceraldehyde 3-phosphate
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Gardberg, A. / Arakaki, T. / Staker, B.

履歴

登録	2011年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qrh.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qrh.ent.gz	114.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qrh_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qrh_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	3qrh_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	3qrh_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mbfS 3mbd S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mbf-1 3bv4-1 4ccz-d 3mbd-1 5k0s-3 2yvk-1 4ill-d 6u11-1 6vgo-1 2f03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EncuA.00440.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.540, 138.090, 62.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-382- HOH

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase 分子量: 38263.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 遺伝子: ECU01_0240 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SSM8, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG6000, 0.1 M HEPES, protein at ~22 mg/ml, glyceraldehyde 3-phosphate at 10 mM., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日

放射

モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 36410 / Num. obs: 36353 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 35.215 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 22.64

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2-2.05		6.1	0.438	4.2	16190	2650	2650	100
2.05-2.11			0.362	5.2	15769		2601	99.8
2.11-2.17			0.259	6.9	15369		2503	99.9
2.17-2.24			0.22	8.1	14980		2449	100
2.24-2.31			0.191	9.6	14284		2388	99.9
2.31-2.39			0.149	11.8	13976		2277	100
2.39-2.48			0.121	14.3	13681		2236	100
2.48-2.58			0.098	17.2	13016		2135	99.9
2.58-2.7			0.084	19.4	12467		2053	100
2.7-2.83			0.068	22.8	12033		1981	99.9
2.83-2.98			0.057	27.2	11441		1882	100
2.98-3.16			0.049	31	10768		1780	99.9
3.16-3.38			0.04	37.8	10106		1689	100
3.38-3.65			0.036	41.9	9123		1545	100
3.65-4			0.033	47	8606		1470	99.8
4-4.47			0.028	52	7605		1311	99.8
4.47-5.16			0.025	54	6776		1170	99.8
5.16-6.32			0.025	52.1	5965		998	99.9
6.32-8.94			0.022	55.7	4673		791	99.5
	8.94		0.019	58.8	2419		444	94.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.58 Å
Translation	2.5 Å	19.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3MBF

3mbf

解像度: 2→46.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.312 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	1783	4.9 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.164	36267	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2591	0	9	221	2821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.983	3617
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	4468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.772	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.463	24.22	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.279	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.117	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.764	1.5	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.224	1.5	699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.343	2	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.186	3	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.482	4.5	923

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	128	-
R_work	0.206	2514	-
all	-	2642	-
obs	-	2650	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6097	-0.3337	0.7868	0.9674	0.0958	1.117	0.0232	0.158	-0.0377	-0.1986	0.0289	0.1758	-0.1873	-0.094	-0.0521	0.1061	0.0517	-0.0283	0.0883	0.025	0.0469	-22.3557	24.6332	-4.3009
2	0.5734	0.2383	0.1371	1.5108	0.0246	1.2058	0.0388	0.057	-0.1656	-0.103	0.0277	-0.0328	0.0903	-0.0821	-0.0665	0.0411	0.0161	-0.0175	0.0379	-0.0124	0.0574	-12.4717	9.3323	3.0711
3	1.2037	0.0717	0.2439	0.8235	0.2055	1.0392	0.0416	-0.1482	-0.0957	0.0682	0.0356	0.0234	-0.062	-0.139	-0.0771	0.0352	0.0243	0.0104	0.0467	0.0256	0.0389	-13.3458	20.4638	17.1647
4	1.0769	0.1863	1.1003	1.1964	0.5234	2.0269	0.0139	-0.1156	0.1035	-0.1142	-0.0136	0.2532	-0.2889	-0.4021	-0.0003	0.1218	0.119	0.0142	0.1539	0.0338	0.1271	-30.3993	32.1355	6.8547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	178 - 292
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	293 - 338

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