PDB-3qr1: Crystal Structure of L. pealei PLC21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qr1

タイトル

Crystal Structure of L. pealei PLC21

要素

PHOSPHOLIPASE C-BETA (PLC-BETA)

キーワード

HYDROLASE / PH domain / EF hand / TIM barrel / C2 domain / lipase / calcium binding / signaling protein

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phosphatidylinositol-mediated signaling / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Loligo pealei (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Lyon, A.M. / Suddala, K.C. / Northup, J.K. / Tesmer, J.J.G.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: An autoinhibitory helix in the C-terminal region of phospholipase C-beta mediates Galphaq activation.
著者: Lyon, A.M. / Tesmer, V.M. / Dhamsania, V.D. / Thal, D.M. / Gutierrez, J. / Chowdhury, S. / Suddala, K.C. / Northup, J.K. / Tesmer, J.J.

履歴

登録	2011年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qr1.cif.gz	622.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qr1.ent.gz	516.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qr1_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qr1_full_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示
XML形式データ	3qr1_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	3qr1_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qr0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qr0-d 2zkm-d 4p0r-1 1dxi-d 6ewo-1 3l4y-d 1fs0-2 2qly-d 5fwx-1 3l4z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (4) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (4) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PHOSPHOLIPASE C-BETA (PLC-BETA)

D: PHOSPHOLIPASE C-BETA (PLC-BETA)

ヘテロ分子

185 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOSPHOLIPASE C-BETA (PLC-BETA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PHOSPHOLIPASE C-BETA (PLC-BETA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.367, 148.869, 151.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	11 - 1000
2	1	1	2	D	11 - 1000

#1: タンパク質	PHOSPHOLIPASE C-BETA (PLC-BETA) 分子量: 92409.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Loligo pealei PLC21 / 由来: (天然) Loligo pealei (無脊椎動物) / 組織: retina / 参照: UniProt: Q9NBA8
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Bis-Tris, 300 mM NaCl, 35% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月1日 / 詳細: tiled fiber-optic tapers

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 34741 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -999999 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.1-3.15	7.2	0.814	1	100
3.15-3.21	7.2	0.694	1	100
3.21-3.27	7.2	0.544	1	100
3.27-3.34	7.2	0.492	1	100
3.34-3.41	7.3	0.403	1	100
3.41-3.49	7.2	0.376	1	100
3.49-3.58	7.3	0.305	1	100
3.58-3.67	7.3	0.263	1	100
3.67-3.78	7.3	0.224	1	100
3.78-3.9	7.3	0.19	1	100
3.9-4.04	7.3	0.16	1	100
4.04-4.21	7.3	0.133	1	100
4.21-4.4	7.3	0.112	1	100
4.4-4.63	7.3	0.113	1	100
4.63-4.92	7.3	0.101	1	100
4.92-5.29	7.4	0.096	1	100
5.29-5.82	7.3	0.096	1	100
5.82-6.66	7.3	0.081	1	100
6.66-8.36	7.2	0.054	1	100
8.36-30	6.7	0.039	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 38.34 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.2 Å	29.97 Å
Translation	3.2 Å	29.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→29.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 55.28 / SU ML: 0.419 / SU R Cruickshank DPI: 0.5148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.544 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25776	1615	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21381	-	-	-
obs	0.21608	29833	100 %	-
all	-	34741	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12486	0	2	38	12526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.299	1.966	17234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.022	5	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.083	25.017	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.723	15	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.116	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.175	1.5	7759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.062	1.5	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.318	2	12533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.554	3	5003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.851	4.5	4701
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	3093	tight positional	0.05	0.05
D	3111	medium positional	0.07	0.5
A	3093	tight thermal	0.06	0.5
D	3111	medium thermal	0.08	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	104	-
R_work	0.267	2175	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2436	0.0875	-0.5253	0.9147	-0.2185	1.0765	-0.0192	-0.0089	-0.1407	0.0493	0.0026	0.0185	0.0066	0.0286	0.0165	0.1118	0.0289	0.0044	0.0412	0.0441	0.0664	8.8645	19.7036	12.3784
2	1.8578	-0.048	0.6632	0.7862	-0.0493	2.9506	-0.0814	-0.1441	0.2933	0.0747	0.0894	-0.0797	-0.4405	-0.3164	-0.008	0.3589	0.0643	0.0679	0.0583	0.0329	0.2762	-13.0138	17.6535	68.8987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 813
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	814 - 831
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1000
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	12 - 813
5	X-RAY DIFFRACTION	2	D	814 - 833
6	X-RAY DIFFRACTION	2	D	1000

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