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- PDB-3qr0: Crystal Structure of S. officinalis PLC21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qr0
タイトルCrystal Structure of S. officinalis PLC21
要素phospholipase C-beta (PLC-beta)
キーワードHYDROLASE / PH domain / EF hand / C2 domain / TIM barrel domain / phospholipase / calcium binding / phospholipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol phospholipase C activity / lipid catabolic process / intracellular signal transduction / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C-beta, conserved site / : / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / PH domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain ...Phospholipase C-beta, conserved site / : / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / PH domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Sepia officinalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lyon, A.M. / Northup, J.K. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: An autoinhibitory helix in the C-terminal region of phospholipase C-beta mediates Galphaq activation.
著者: Lyon, A.M. / Tesmer, V.M. / Dhamsania, V.D. / Thal, D.M. / Gutierrez, J. / Chowdhury, S. / Suddala, K.C. / Northup, J.K. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2011年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phospholipase C-beta (PLC-beta)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,74011
ポリマ－92,8711
非ポリマー86910
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.815, 89.396, 163.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 phospholipase C-beta (PLC-beta)


分子量: 92871.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: extracted from retina / 由来: (天然) Sepia officinalis (無脊椎動物) / 参照: UniProt: F2YQ19*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Bis-Tris, 100 mM NaCl, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: Rayonix MarMosiac 225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日 / 詳細: tiled fiber-optic tapers
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 70063 / Num. obs: 70063 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -999999 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.89-1.923.1197.5
1.92-1.963.3197.8
1.96-23.6198.50.826
2-2.043.6198.20.679
2.04-2.083.6197.90.527
2.08-2.133.6198.20.431
2.13-2.183.61980.353
2.18-2.243.7197.60.298
2.24-2.313.7197.50.239
2.31-2.383.7197.10.202
2.38-2.473.71970.171
2.47-2.573.7196.60.148
2.57-2.683.7196.50.124
2.68-2.823.71960.099
2.82-33.8195.80.079
3-3.233.8197.70.067
3.23-3.563.8199.30.061
3.56-4.073.8199.30.052
4.07-5.133.9199.40.04
5.13-503.8198.60.032

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.52 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å30.02 Å
Translation2.5 Å30.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 2ZKM

2zkm


解像度: 2→27.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.673 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1882 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20819 2826 5 %RANDOM
Rwork0.17589 ---
obs0.17754 53335 92.3 %-
all-70063 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 55 452 6782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9738775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.743311107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4225790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12824.966296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.666151197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0321525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3731.53929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0651.51582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73226353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14432580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8924.52422
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 185 -
Rwork0.211 3624 -
obs--86.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.1121 Å / Origin y: -5.1542 Å / Origin z: -19.402 Å
111213212223313233
T0.0196 Å2-0.0281 Å2-0.023 Å2-0.0654 Å20.0242 Å2--0.0472 Å2
L0.3253 °2-0.0849 °2-0.09 °2-0.6514 °2-0.0163 °2--0.7729 °2
S0.0085 Å °0.0256 Å °0.0031 Å °0.0377 Å °-0.0334 Å °0.0193 Å °-0.0233 Å °-0.0071 Å °0.025 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 815
2X-RAY DIFFRACTION1A817 - 1067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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