[日本語] English
万見
- PDB-3qqy: Crystal structure of a novel LAGLIDADG homing endonuclease, I-Onu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqy
タイトルCrystal structure of a novel LAGLIDADG homing endonuclease, I-OnuI (from Ophiostoma novo-ulmi subsp. americana)
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like protein fusion
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA comlex / LAGLIDADG family / Hydrolase / DNA binding / Mitochondrion / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / ribosome / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like protein fusion
類似検索 - 構成要素
生物種Ophiostoma novo-ulmi subsp. americana (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Takeuchi, R. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Tapping natural reservoirs of homing endonucleases for targeted gene modification.
著者: Takeuchi, R. / Lambert, A.R. / Mak, A.N. / Jacoby, K. / Dickson, R.J. / Gloor, G.B. / Scharenberg, A.M. / Edgell, D.R. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2011年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like protein fusion
B: DNA (26-MER)
C: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1724
ポリマ－51,1473
非ポリマー241
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.948, 73.933, 166.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like protein fusion


分子量: 35174.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 413-715 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ophiostoma novo-ulmi subsp. americana (菌類)
遺伝子: rps3/HEG fusion / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q4VWW5
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7759.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Target sequence for the co-crystallized protein
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8213.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Target sequence for the co-crystallized protein
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, 100 mM ammonium sulfate, 25% PEG 300, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19182 / Num. obs: 18568 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 9.62 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P8K

1p8k


解像度: 2.401→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 16.343 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 955 5.2 %RANDOM
Rwork0.18887 ---
obs0.19145 17525 96.54 %-
all-18153 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-0 Å20 Å2
2---3.29 Å2-0 Å2
3---2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2419 1060 1 73 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2172.3295140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3115297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.06825.37108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.96415490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.518157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8671.51481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62522399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51132171
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5854.52741
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 68 -
Rwork0.227 1172 -
obs-1172 90.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6583-0.3184-0.51250.98530.8943.03470.04810.04880.0688-0.0536-0.02770.0002-0.0433-0.063-0.02040.0716-0.00490.03820.00760.0230.2168-7.31483.036936.0521
20.4819-0.03680.63320.63630.73535.72430.14820.0302-0.01220.00830.0880.01640.3732-0.226-0.23620.15230.00960.03740.06990.01540.2148-12.0311-5.630934.6087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 26
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 26

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る