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万見
- PDB-3qqn: The retinal specific CD147 Ig0 domain: from molecular structure t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqn
タイトルThe retinal specific CD147 Ig0 domain: from molecular structure to biological activity
要素Basigin
キーワードCELL ADHESION / CD147 / EMMPRIN / Immunoglobulin-like domain / beta sheet / Structural Genomics / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / endothelial tube morphogenesis / response to mercury ion / cell-cell adhesion mediator activity / neural retina development / photoreceptor cell maintenance ...Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / endothelial tube morphogenesis / response to mercury ion / cell-cell adhesion mediator activity / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / neuron projection extension / Basigin interactions / Aspirin ADME / odontogenesis of dentin-containing tooth / D-mannose binding / homophilic cell-cell adhesion / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / photoreceptor outer segment / Integrin cell surface interactions / response to cAMP / Degradation of the extracellular matrix / neutrophil chemotaxis / photoreceptor inner segment / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / positive regulation of interleukin-6 production / response to peptide hormone / melanosome / virus receptor activity / signaling receptor activity / angiogenesis / basolateral plasma membrane / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / endosome / cadherin binding / Golgi membrane / axon / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.309 Å
データ登録者Redzic, J.S. / Armstrong, G.S. / Isern, N.G. / Kieft, J.S. / Eisenmesser, E.Z. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Retinal Specific CD147 Ig0 Domain: From Molecular Structure to Biological Activity.
著者: Redzic, J.S. / Armstrong, G.S. / Isern, N.G. / Jones, D.N. / Kieft, J.S. / Eisenmesser, E.Z.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basigin
B: Basigin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9392
ポリマ－30,9392
非ポリマー00
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.240, 80.240, 160.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-125-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 2:96 or resseq 103:117 )
211chain B and (resseq 2:96 or resseq 103:117 )

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要素

#1: 抗体 Basigin / 5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / ...5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / Leukocyte activation antigen M6 / OK blood group antigen / Tumor cell-derived collagenase stimulatory factor / TCSF


分子量: 15469.710 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-138 / 変異: C46M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BSG, UNQ6505/PRO21383 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35613
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AS PER AUTHORS ILE IS THE CORRECT RESIDUE AT POSITION 45

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, 0.1M spermidine tetrachloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.02159,1.02195,1.03726
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月28日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double Si111 crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.021591
21.021951
31.037261
反射解像度: 2.309→42.42 Å / Num. obs: 14020 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine:1.5_2)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.309→42.42 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 1395 10 %
Rwork0.2345 --
obs0.238 13954 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2544 Å20 Å2-0 Å2
2---2.2544 Å20 Å2
3---4.5089 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.309→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1836 0 0 158 1994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3532578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.033664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007340
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A870X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B870X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.309-2.39120.33521210.28951099X-RAY DIFFRACTION89
2.3912-2.48690.32831390.25711230X-RAY DIFFRACTION100
2.4869-2.60010.29141370.26381236X-RAY DIFFRACTION100
2.6001-2.73710.29021360.23551238X-RAY DIFFRACTION100
2.7371-2.90860.26141420.24191250X-RAY DIFFRACTION100
2.9086-3.13310.27191370.24681256X-RAY DIFFRACTION100
3.1331-3.44820.30181390.24111255X-RAY DIFFRACTION100
3.4482-3.94690.26241430.24351276X-RAY DIFFRACTION100
3.9469-4.97140.20471430.18671316X-RAY DIFFRACTION100
4.9714-42.420.28681580.24441403X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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