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- PDB-3qqm: Crystal structure of a Putative amino-acid aminotransferase (NP_1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqm
タイトルCrystal structure of a Putative amino-acid aminotransferase (NP_104211.1) from Mesorhizobium loti at 2.30 A resolution
要素Mlr3007 protein
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal ...Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative amino-acid aminotransferase (NP_104211.1) from Mesorhizobium loti at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mlr3007 protein
B: Mlr3007 protein
C: Mlr3007 protein
D: Mlr3007 protein
E: Mlr3007 protein
F: Mlr3007 protein
G: Mlr3007 protein
H: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,99399
ポリマ－197,9878
非ポリマー7,00591
水13,926773
1
A: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,80317
ポリマ－24,7481
非ポリマー1,05516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,73512
ポリマ－24,7481
非ポリマー98611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,69012
ポリマ－24,7481
非ポリマー94211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,94518
ポリマ－24,7481
非ポリマー1,19617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,66715
ポリマ－24,7481
非ポリマー91914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2536
ポリマ－24,7481
非ポリマー5055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3518
ポリマ－24,7481
非ポリマー6027
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Mlr3007 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,54911
ポリマ－24,7481
非ポリマー80010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.178, 215.574, 81.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 220
2114B1 - 220
3114C1 - 220
4114D1 - 220
5114E1 - 220
6114F1 - 220
7114G1 - 220
8114H1 - 220

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Mlr3007 protein


分子量: 24748.404 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: mlr3007 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q98H69

-
非ポリマー , 5種, 864分子

#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-220) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-220) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.200M NH4I, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.683 Å / Num. obs: 91682 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.589 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.97
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.380.4281.83155516526196.2
2.38-2.480.3682.13543218456199.1
2.48-2.590.2892.73256716924199
2.59-2.730.2313.53470818000199.2
2.73-2.90.1794.33339617283199
2.9-3.120.1246.33322417167199.1
3.12-3.430.0759.93357017324199
3.43-3.930.04715.63419617612198.7
3.93-4.930.03221.33356417222198.7
4.93-29.6830.031223440917591197.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.683 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 11.129 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.228
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CHLORIDE (CL) AND IODIDE (IOD) IONS FROM THE PURIFICATION AND CRYSTALLIZATION SOLUTIONS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. BOTH HALIDES BIND IN SIMILAR ENVIRONMENTS AND MANY OF THE STIES LIKELY CONTAIN A MIXTURE OF I- AND CL- WITH INCOMPLETE OCCUPANCY. OCCUPANCIES WERE ESTIMATED WITH REFINEMENT IN PHENIX.REFINE. IODIDES WERE MODELED AT POSITIONS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS PEAKS AND SITES THAT PHENIX.REFINE REFINED OCCUPANCIES GREATER THAN 1.1 WHEN MODELED AS CHLORIDE. 5. ETHYLENE GLYCOL (EDO), USED AS A CRYOPROTECTANT AND POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 6. ELECTRON DENSITY SUPPORTS THE MODELING OF A BOUND PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP) COFACTOR ON EACH SUBUNIT AS N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE (LLP), IN WHICH THE PLP COFACTOR IS COVALENTLY BOUND TO LYS 117. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 8. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF THE TLSMD SERVER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2407 4592 5 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1956 91628 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.73 Å2 / Biso mean: 23.3535 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13129 0 247 773 14149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02113611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.99418388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803322696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.43751708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.57722.401629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.411152212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.54115166
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.22070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3291.58418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.53445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64213383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05635193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7884.54990
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2582 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.450.5
BMEDIUM POSITIONAL0.590.5
CMEDIUM POSITIONAL0.580.5
DMEDIUM POSITIONAL0.460.5
EMEDIUM POSITIONAL0.580.5
FMEDIUM POSITIONAL0.450.5
GMEDIUM POSITIONAL0.510.5
HMEDIUM POSITIONAL0.480.5
AMEDIUM THERMAL0.652
BMEDIUM THERMAL0.592
CMEDIUM THERMAL0.522
DMEDIUM THERMAL0.622
EMEDIUM THERMAL0.522
FMEDIUM THERMAL0.562
GMEDIUM THERMAL0.642
HMEDIUM THERMAL0.52
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 358 -
Rwork0.246 6268 -
all-6626 -
obs--98.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5457-0.02580.03970.5447-0.22881.4067-0.0015-0.01330.01260.03340.02160.0246-0.1128-0.0321-0.02010.01980.00420.01570.0080.00230.0195-34.241944.7338-28.8984
20.2995-0.0786-0.14930.5156-0.52362.89790.01470.0064-0.02680.0225-0.0159-0.0007-0.05730.16980.00110.0418-0.00130.00030.0362-0.0090.0141-25.796743.83139.4693
30.5805-0.1171-0.13270.5432-0.24661.496-0.03060.0371-0.01680.0261-0.0068-0.0247-0.0236-0.0910.03750.03740.0096-0.010.0353-0.01160.0068-43.437475.7145-8.4269
40.6758-0.129-0.12980.69230.16970.76550.04010.01230.0235-0.0123-0.03130.0001-0.0344-0.0012-0.00890.0165-0.0014-0.00680.01090.01250.0168-43.921484.514729.683
50.901-0.2520.18610.7376-0.21410.86280.0003-0.0256-0.00510.00330.0354-0.00820.007-0.0312-0.03570.01230.0017-0.00140.01410.01580.0279-14.008972.408729.3267
61.605-0.1728-0.88620.7001-0.08322.47810.06130.274-0.0517-0.063600.032-0.0283-0.1543-0.06120.04010.0305-0.00160.10480.01320.0616-3.551479.6597-7.6732
70.72040.34110.0611.16410.59831.93250.03420.03340.0758-0.1302-0.01580.115-0.12630.0585-0.01840.1537-0.02670.00210.01730.01270.0812-28.0479111.6893-7.9154
81.0420.294-0.15251.0249-0.17340.79830.011-0.0375-0.0994-0.04790.01510.00060.00180.005-0.02610.01150.0005-0.00880.00140.00150.0641-34.6473121.938529.7729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2B14 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5E14 - 220
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8H14 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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