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万見
- PDB-3qq6: The N-terminal DNA binding domain of SinR from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qq6
タイトルThe N-terminal DNA binding domain of SinR from Bacillus subtilis
要素HTH-type transcriptional regulator sinR
キーワードTRANSCRIPTION / Helix-Turn-Helix motif / biofilm / repressor / transcriptional regulator / SinI
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator SinR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Colledge, V. / Fogg, M.J. / Levdikov, V.M. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure and Organisation of SinR, the Master Regulator of Biofilm Formation in Bacillus subtilis.
著者: Colledge, V.L. / Fogg, M.J. / Levdikov, V.M. / Leech, A. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator sinR
B: HTH-type transcriptional regulator sinR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8162
ポリマ－17,8162
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7070 Å2
2
A: HTH-type transcriptional regulator sinR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9081
ポリマ－8,9081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: HTH-type transcriptional regulator sinR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9081
ポリマ－8,9081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.970, 45.329, 85.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator sinR


分子量: 8907.995 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain of SinR residues 1-69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU24610, flaD, sin, sinR / プラスミド: pET-YSBLIC- / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06533
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS pH 8.5, 27% PEG3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0039 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月23日
放射モノクロメーター: channel-cut monochromator Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 10989 / Num. obs: 10989 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 4.87 / Num. unique all: 539 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0086精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B0N

1b0n


解像度: 1.9→42.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.515 / SU ML: 0.134 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 524 4.8 %RANDOM
Rwork0.20364 ---
all0.20629 10411 --
obs0.20629 10411 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.09 Å20 Å20 Å2
2---2.34 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 0 0 67 1167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.9591522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03931916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3495139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83724.42352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83415225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.579156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 23 -
Rwork0.245 727 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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