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- PDB-3qq5: Crystal structure of the [FeFe]-hydrogenase maturation protein HydF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qq5
タイトルCrystal structure of the [FeFe]-hydrogenase maturation protein HydF
要素Small GTP-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / H-cluster / HydA maturation / GTP-binding domain / Maturation enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Rossmann fold - #11410 / Rossmann fold - #11420 / [FeFe]-hydrogenase H-cluster maturation GTPase HydF / Hydrogen maturase F, tetramerization domain / Hydrogen maturase F dimerization domain / Hydrogen maturase F dimerization domain / Hydrogen maturase F tetramerization domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain ...Rossmann fold - #11410 / Rossmann fold - #11420 / [FeFe]-hydrogenase H-cluster maturation GTPase HydF / Hydrogen maturase F, tetramerization domain / Hydrogen maturase F dimerization domain / Hydrogen maturase F dimerization domain / Hydrogen maturase F tetramerization domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small GTP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Cendron, L. / Berto, P. / D'Adamo, S. / Vallese, F. / Govoni, C. / Posewitz, M.C. / Giacometti, G.M. / Costantini, P. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of HydF Scaffold Protein Provides Insights into [FeFe]-Hydrogenase Maturation.
著者: Cendron, L. / Berto, P. / D'Adamo, S. / Vallese, F. / Govoni, C. / Posewitz, M.C. / Giacometti, G.M. / Costantini, P. / Zanotti, G.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22012年1月11日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small GTP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3701
ポリマ－47,3701
非ポリマー00
水00
1
A: Small GTP-binding protein

A: Small GTP-binding protein

A: Small GTP-binding protein

A: Small GTP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,4794
ポリマ－189,4794
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area9990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area73220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.259, 138.259, 138.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Small GTP-binding protein


分子量: 47369.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア)
株: ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E / 遺伝子: CTN_0227 / プラスミド: pET-15b/TnHydF(D1-36) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9KBK7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 8% PGA-LM (Poly-L-glutamic acid, low molecular weight range), 0.2 M Na-Formate, 0.1 M Tris buffer, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.9793, 0.9795, 0.9769
シンクロトロンESRF ID14-420.9765
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年7月24日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年2月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
30.97691
40.97651
反射解像度: 2.99→79.82 Å / Num. all: 18028 / Num. obs: 18028 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 31.9 % / Biso Wilson estimate: 0.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.99→3.15 Å / 冗長度: 32.7 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2612 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.99→79.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2760504.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 913 5.1 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.274 18028 99.7 %-
all-18028 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 108.163 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 107.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→79.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 0 0 2996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 150 5.2 %
Rwork0.354 2736 -
obs--97.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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