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- PDB-3qq0: Crystal structure of a deletion mutant (N59) of 3-deoxy-D-manno-o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qq0
タイトルCrystal structure of a deletion mutant (N59) of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (KDO8PS) from Neisseria meningitidis
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / MANNO-OCTULOSONATE / SYNTHASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / KDOP / KDO8 KDOPS / KDO8PS / TIM BARREL / BIOSYNTHESIS / LYASE / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Allison, T.M. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
著者: Allison, T.M. / Hutton, R.D. / Cochrane, F.C. / Yeoman, J.A. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
履歴
登録2011年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,99312
ポリマ－121,6214
非ポリマー3728
水12,917717
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area35020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.058, 85.744, 163.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A4 - 59
2116B4 - 59
3116C4 - 59
4116D4 - 59
1216A71 - 203
2216B71 - 203
3216C71 - 203
4216D71 - 203
1316A218 - 237
2316B218 - 237
3316C218 - 237
4316D218 - 237
1416A258 - 275
2416B258 - 276
3416C258 - 275
4416D258 - 275

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要素

#1: タンパク質
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase


分子量: 30405.229 Da / 分子数: 4 / 変異: DEL(N59) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: kdsA, NMB1283 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JZ55, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20 mg/mL protein (in 10 mM BTP pH 7.5) mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 4.6) and 0.6-3.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystals were harvested and ...詳細: 20 mg/mL protein (in 10 mM BTP pH 7.5) mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 4.6) and 0.6-3.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystals were harvested and soaked briefly in cryoprotectant solution, comprising 20% glycerol and the reservoir solution, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月14日
放射モノクロメーター: AXCO PX70 CAPILLARY OPTIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.66 Å / Num. all: 91249 / Num. obs: 91249 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.52 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.9-1.974.360.3573.48783197.3
1.97-2.044.60.3093.391171100
2.04-2.144.350.2584.59021199.9
2.14-2.254.560.216590961100
2.25-2.394.50.1686.69109199.9
2.39-2.584.620.1237.691351100
2.58-2.834.570.08910.99147199.9
2.83-3.244.690.06213.59179199.9
3.24-4.094.510.04618.79229199.3
4.09-36.844.450.03823.49433198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QKF

2qkf


解像度: 1.9→32.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2303 / WRfactor Rwork: 0.1891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8558 / SU B: 7.076 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1434 / SU Rfree: 0.1365 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 4579 5 %RANDOM
Rwork0.1887 ---
all0.1906 91174 --
obs0.1906 91174 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.03 Å2 / Biso mean: 28.93 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7410 0 18 717 8145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9321.97910441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43751009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93925.215303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.028151331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1561524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1391.54934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96627969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08332754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9714.52454
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1564 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.595
2BLOOSE POSITIONAL0.495
3CLOOSE POSITIONAL0.455
4DLOOSE POSITIONAL0.465
1ALOOSE THERMAL3.2310
2BLOOSE THERMAL2.9410
3CLOOSE THERMAL3.2610
4DLOOSE THERMAL3.0510
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 340 -
Rwork0.28 6056 -
all-6396 -
obs--95.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7792-0.0604-0.51470.5996-0.09610.9546-0.01140.1934-0.0253-0.11290.01320.0034-0.0332-0.2302-0.00180.1307-0.0033-0.00270.1878-0.00590.00768.68921.26548.074
20.5098-0.2790.13040.4101-0.00270.6109-0.0272-0.03010.0126-0.00140.0021-0.00440.0207-0.01640.02510.1118-0.01570.0130.1283-0.0050.014916.05213.34484.082
30.1084-0.18570.03830.486-0.18470.877-0.008-0.0339-0.0096-0.0486-0.0152-0.00620.0398-0.04420.02320.1307-0.01450.01370.1108-0.01090.016333.36-1.38337.556
40.2722-0.3635-0.09551.33320.9021.5776-0.0634-0.00150.05610.28010.00350.0090.34920.05710.05990.20460.01840.00750.0891-0.00080.019939.529-10.89173.31
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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