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- PDB-3qpr: HK97 Prohead I encapsidating inactive virally encoded protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qpr
タイトルHK97 Prohead I encapsidating inactive virally encoded protease
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS / Virus Procapsid particles
機能・相同性: / Phage capsid / Phage capsid family / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Huang, R.K. / Khayat, R. / Lee, K.K. / Gertsman, I. / Duda, R.L. / Hendrix, R.W. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Prohead-I structure of bacteriophage HK97: implications for scaffold-mediated control of particle assembly and maturation.
著者: Huang, R.K. / Khayat, R. / Lee, K.K. / Gertsman, I. / Duda, R.L. / Hendrix, R.W. / Johnson, J.E.
履歴
登録2011年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年3月30日ID: 3P8Q
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Derived calculations
改定 1.32013年1月30日Group: Other
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,0057
ポリマ－296,0057
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,760,310420
ポリマ－17,760,310420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.48 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,480,02635
ポリマ－1,480,02635
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.78 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,776,03142
ポリマ－1,776,03142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.48 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,480,02635
ポリマ－1,480,02635
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)560.120, 560.120, 560.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
詳細T=7 Laevo

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / Gp5 / Head protein


分子量: 42286.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
遺伝子: 5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) Plys S / 参照: UniProt: P49861
配列の詳細THE FULL LENGTH PROTEIN WAS CRYSTALLIZED. THERE SHOULD BE A MAIN-CHAIN BREAK BETWEEN A160 AND P170, ...THE FULL LENGTH PROTEIN WAS CRYSTALLIZED. THERE SHOULD BE A MAIN-CHAIN BREAK BETWEEN A160 AND P170, WHERE THE ACTUAL SEQUENCE WAS MODELED AS A SHORTER CONTINUOUS LOOP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 4.0% PEG 4000, 0.2M sodium acetate pH 4.6, 0.3M calcium chloride, 15% glycerol, 0.1M sarcosine, 6% n-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月23日
放射モノクロメーター: 0.99 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.2→45 Å / Num. obs: 86130 / % possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 5.2→5.29 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3072 / % possible all: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
RAVEモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5.2→45 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.467 9329 random
Rwork0.461 --
all0.461 86130 -
obs0.461 84108 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.2→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8654 0 0 0 8654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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