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- PDB-3qpb: Crystal Structure of Streptococcus Pyogenes Uridine Phosphorylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qpb
タイトルCrystal Structure of Streptococcus Pyogenes Uridine Phosphorylase Reveals a Subclass of the NP-I Superfamily
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / hexamer / NP-I superfamily / pyrimidine salvage pathway / uridine phosphorylase / transition state
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside metabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / URACIL / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M6 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Tran, T.H. / Christoffersen, S. / Parker, W.B. / Piskur, J. / Serra, I. / Terreni, M. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Uridine Phosphorylase Reveals a Distinct Subfamily of Nucleoside Phosphorylases.
著者: Tran, T.H. / Christoffersen, S. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Serra, I. / Terreni, M. / Ealick, S.E.
履歴
登録2011年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
M: Uridine phosphorylase
N: Uridine phosphorylase
O: Uridine phosphorylase
P: Uridine phosphorylase
Q: Uridine phosphorylase
R: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)556,15754
ポリマ－549,99818
非ポリマー6,16036
水53,6672979
1
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,38618
ポリマ－183,3336
非ポリマー2,05312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24850 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area43870 Å2
手法PISA
2
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,38618
ポリマ－183,3336
非ポリマー2,05312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24550 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area43900 Å2
手法PISA
3
M: Uridine phosphorylase
N: Uridine phosphorylase
O: Uridine phosphorylase
P: Uridine phosphorylase
Q: Uridine phosphorylase
R: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,38618
ポリマ－183,3336
非ポリマー2,05312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24440 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area44540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.021, 91.578, 170.180
Angle α, β, γ (deg.)78.46, 82.33, 60.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 30555.420 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M6 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: M6_Spy1599 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XA29, uridine phosphorylase
#2: 糖
ChemComp-R1P / 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / RIBOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-phosphono-D-ribose / 1-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 4000, 16% isopropanol, and 0.1 M sodium citrate pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月12日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 404352

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→50 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.203 -
Rwork0.177 -
obs-404352
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33711 0 396 2979 37086

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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