PDB-3qp5: Crystal structure of CviR bound to antagonist chlorolactone (CL)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qp5

タイトル

Crystal structure of CviR bound to antagonist chlorolactone (CL)

要素

CviR transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / quorum sensing / agonist / antagonist / LuxR / acylated homoserine lactone / transcription factor / DNA binding protein / ligand binding domain / signal receptor / Quorum sensing transcription factor / chlorolactone (CL)

機能・相同性

機能・相同性情報

quorum sensing / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromobacterium violaceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.249 Å

データ登録者

Chen, G. / Swem, L. / Swem, D. / Stauff, D. / O'Loughlin, C. / Jeffrey, P. / Bassler, B. / Hughson, F.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: A strategy for antagonizing quorum sensing.
著者: Chen, G. / Swem, L.R. / Swem, D.L. / Stauff, D.L. / O'Loughlin, C.T. / Jeffrey, P.D. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2011年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qp5.cif.gz	407.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qp5.ent.gz	341.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qp5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qp5_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3qp5_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	3qp5_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/3qp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/3qp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qp1SC 3qp2C 3qp4C 3qp6C 3qp8C 3qp7 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ivc-d 4g5f-d 2a86-d 3iob-d 3ivg-d 3ime-d 1mop-d 4muj-d 3coy-d 4g5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CviR transcriptional regulator

B: CviR transcriptional regulator

C: CviR transcriptional regulator

D: CviR transcriptional regulator

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CviR transcriptional regulator

B: CviR transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CviR transcriptional regulator

D: CviR transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.318, 169.318, 99.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	CviR transcriptional regulator / Transcriptional activator / LuxR/UhpA family of regulators 分子量: 29753.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 株: 31532 / 遺伝子: cviR / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: D3W065
#2: 化合物	ChemComp-HLC / 4-(4-chlorophenoxy)-N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]butanamide 分子量: 297.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆ClNO₄

#1: タンパク質

CviR transcriptional regulator / Transcriptional activator / LuxR/UhpA family of regulators

分子量: 29753.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: 31532 / 遺伝子: cviR / プラスミド: pET23b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: D3W065

#2: 化合物

ChemComp-HLC / 4-(4-chlorophenoxy)-N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]butanamide

分子量: 297.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆ClNO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM sodium citrate, 15-20% w/v PEG3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.249→84.659 Å / Num. obs: 16715 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.851
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.855 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QP1

3qp1

解像度: 3.249→48.878 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.51 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 34.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3036	808	5.06 %
R_work	0.2631	-	-
obs	0.2652	15970	94.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 95.363 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.5656 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-16.5656 Å²	-0 Å²
3-	-	-	33.1312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.249→48.878 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7658	0	80	0	7738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.896	10697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.898	2918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.171	1170
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1397

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2489-3.4524	0.3536	120	0.3188	2163	X-RAY DIFFRACTION	81
3.4524-3.7189	0.3947	138	0.2955	2488	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7189-4.093	0.2971	135	0.2677	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
4.093-4.6848	0.2868	133	0.2413	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6848-5.9008	0.313	138	0.2508	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9008-48.8834	0.2595	144	0.2502	2624	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.045	1.8681	1.1226	4.3606	0.1716	1.3124	-0.2925	-0.0139	-0.5788	-0.0762	0.3657	-0.5245	-0.138	0.1463	-0.1045	0.3896	0.0227	0.1476	0.1007	-0.1483	0.3746	32.6972	4.1467	-1.364
2	0.6751	-1.2022	0.3936	2.3699	0.2261	3.9296	0.2467	0.0397	-0.6133	0.0339	-0.0559	-1.4719	-0.1544	0.3995	0.0455	0.5019	-0.1258	-0.4757	0.4829	0.2358	1.5086	46.8137	-13.0533	27.4177
3	2.2655	1.2977	1.1455	2.8999	-1.1089	2.0723	-0.0093	-0.2156	-0.4565	-0.1352	0.0183	0.8908	0.3423	-0.3114	0.0035	0.4536	0.0066	0.2117	0.4406	-0.1802	1.207	15.3135	21.0048	27.087
4	2.3213	1.6791	-0.681	4.1704	-3.0342	3.7204	-0.5919	0.5355	0.2147	-0.0815	-0.3015	-0.0448	-0.0917	0.0322	0.6254	0.2809	-0.0223	-0.0859	0.3486	0.0722	0.4167	38.078	47.0427	17.1806
5	2.7773	-2.4451	0.8717	6.823	2.5175	3.0338	-0.3437	0.4499	-0.7031	1.6765	0.2992	1.6623	0.1113	0.6008	-0.1527	1.3279	-0.3948	-0.1337	0.7299	0.3774	1.0523	29.5636	-4.8851	44.9255
6	7.1024	1.6941	3.7104	1.0019	2.7107	8.4622	-0.0797	0.2738	-1.8528	0.4541	0.5451	-0.1374	1.2761	0.7008	0.8421	0.3282	0.1098	0.3757	0.1089	0.1611	0.8111	45.8618	27.0964	1.2546
7	7.181	-3.4435	6.522	3.5504	-4.5972	8.4903	-0.6949	0.0513	2.1381	-0.853	-0.958	-0.052	-0.241	-0.3837	-0.2127	0.5981	0.1612	-0.4903	0.0246	-0.1131	0.5075	21.114	67.6879	15.889
8	6.0823	-0.9624	-1.4472	0.9743	1.0375	2.5273	-0.9133	0.1165	-1.6754	0.8927	0.522	-0.9041	0.992	0.2873	0.4205	0.5725	-0.1397	0.0444	0.4266	-0.4314	0.9004	3.8904	15.158	3.129
9	4.4573	3.7538	4.5308	6.1462	7.9214	2	-1.8744	-0.2138	0.1855	-0.4776	0.0035	0.2368	-0.141	-0.8666	1.6684	3.9829	-0.2296	0.0278	0.6512	-0.4504	1.2076	30.8542	12.4623	-4.6418
10	3.3495	2.0226	-0.3576	1.2586	-0.3253	0.3552	0.2939	0.1517	-0.3634	0.4936	-0.7064	-0.2749	0.7867	0.2046	-0.0213	1.7318	-0.6175	-0.5588	1.653	0.2541	2.4507	47.115	-13.1638	36.3352
11	9.513	-4.6805	3.3877	3.6378	0.4546	7.1966	1.7887	0.9493	-0.6792	-0.2105	-0.5211	-0.9652	-0.7167	-2.7999	-0.922	0.6706	0.1404	0.4377	1.1222	0.2813	1.5622	8.1539	16.6263	24.4247
12	2.1297	-0.6752	0.1467	0.6297	0.3617	0.5327	0.3543	0.1481	0.0819	0.5916	-0.1804	-0.276	-0.3202	-1.7772	-0.1289	1.0457	-0.8341	-0.0704	2.7267	0.4708	0.6365	38.4827	55.5763	13.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A resid 8:191
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B resid 14:189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C resid 11:191
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D resid 10:188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A resid 197:259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B resid 197:258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C resid 197:259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D resid 197:255
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain E
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain F
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain G
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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