PDB-3qnt: NPC1L1 (NTD) Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qnt

タイトル

NPC1L1 (NTD) Structure

要素

Niemann-Pick C1-like protein 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Cholesterol Transport Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Intestinal lipid absorption / cellular response to sterol depletion / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / vitamin transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / lipoprotein metabolic process / myosin V binding / cholesterol transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Kwon, H.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The Structure of the NPC1L1 N-Terminal Domain in a Closed Conformation.
著者: Kwon, H.J. / Palnitkar, M. / Deisenhofer, J.

履歴

登録	2011年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qnt.cif.gz	103.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qnt.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qnt_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qnt_full_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示
XML形式データ	3qnt_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	3qnt_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dse-d 3bm8-d 2vox-d 2nsd-2 7a2b-d 3ucx-d 6y7v-d 3bcz-3 6wke-1 6y15-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Niemann-Pick C1-like protein 1

ヘテロ分子

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.235, 107.133, 68.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Niemann-Pick C1-like protein 1 / NPC1-like 1 protein / NPC1L1 protein

分子量: 28074.682 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-284 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1L1 / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UHC9

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→50 Å / Num. obs: 6148 / % possible obs: 92.3 %
反射シェル	解像度: 2.83→2.9 Å / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0037 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→45.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 44.052 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29049	299	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22602	-	-	-
obs	0.22933	5831	91.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→45.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1804	0	28	0	1832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.027	1.973	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.747	5	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.107	25.065	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.153	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.999	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.205	1.5	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.378	2	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.447	3	702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.776	4.5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.83→2.906 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	18	-
R_work	0.251	317	-
obs	-	-	71.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.1191 Å / Origin y: -24.7626 Å / Origin z: -11.6831 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.069 Å²	-0.0186 Å²	-0.0028 Å²	-	0.1545 Å²	-0.0086 Å²	-	-	0.0772 Å²
L	1.2302 °²	0.2696 °²	-0.0121 °²	-	2.0551 °²	-0.7454 °²	-	-	1.6015 °²
S	-0.0735 Å °	0.0946 Å °	0.0211 Å °	-0.2176 Å °	0.0704 Å °	0.05 Å °	0.0192 Å °	-0.0511 Å °	0.003 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 265
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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