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万見
- PDB-3qmd: Structural Basis of Selective Binding of Nonmethylated CpG Island... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmd
タイトルStructural Basis of Selective Binding of Nonmethylated CpG Islands by the CXXC Domain of CFP1
要素
  • CpG-binding protein
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / CXXC-type Zn finger / DNA binding / unmethylated CpG motifs / nucleus speckle / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


unmethylated CpG binding / XBP1(S) activates chaperone genes / Set1C/COMPASS complex / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / methylated histone binding / nuclear matrix / nuclear speck / regulation of DNA-templated transcription ...unmethylated CpG binding / XBP1(S) activates chaperone genes / Set1C/COMPASS complex / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / methylated histone binding / nuclear matrix / nuclear speck / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CpG binding protein, C-terminal / CpG binding protein C-terminal domain / Spp1/CFP1 / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...CpG binding protein, C-terminal / CpG binding protein C-terminal domain / Spp1/CFP1 / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CXXC-type zinc finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lam, R. / Xu, C. / Bian, C.B. / Kania, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: The structural basis for selective binding of non-methylated CpG islands by the CFP1 CXXC domain.
著者: Xu, C. / Bian, C. / Lam, R. / Dong, A. / Min, J.
履歴
登録2011年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CpG-binding protein
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9865
ポリマ－16,8553
非ポリマー1312
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.653, 74.688, 125.769
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CpG-binding protein / CXXC-type zinc finger protein 1 / PHD finger and CXXC domain-containing protein 1


分子量: 9527.962 Da / 分子数: 1 / 断片: CXXC-type Zn finger / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXXC1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9P0U4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3672.406 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA (Nonmethylated CpG Island) / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA was purchased from Integrated DNA Technologies, Inc.
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3654.378 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA (Nonmethylated CpG Island) / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA was purchased from Integrated DNA Technologies, Inc.
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 0.1M MgCl2, 30% PEG550MME., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
詳細: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 11621 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.974.40.51210250.95788
1.97-2.054.70.39211000.95694.5
2.05-2.145.10.3131124196.6
2.14-2.255.40.22211571.0299.2
2.25-2.395.70.17611660.9999.6
2.39-2.585.90.12111850.977100
2.58-2.845.90.08611720.963100
2.84-3.2560.06411881.027100
3.25-4.095.90.05612121.015100
4.09-505.60.04412921.03799.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.79 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å28.36 Å
Translation3.5 Å28.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
EPICS-basedbeamline controlデータ収集
データacquisition systemsデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3QMB

3qmb


解像度: 1.9→32.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.268 / WRfactor Rwork: 0.239 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.899 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 545 4.7 %RANDOM
Rwork0.2246 ---
obs0.2254 11585 97.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.91 Å2 / Biso mean: 55.8028 Å2 / Biso min: 28.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数412 486 2 26 926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6622.5771398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.384554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72219.56523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9181583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0811510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6491.5264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1852413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8993705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0574.5984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.898-1.9470.285420.29369385885.664
1.947-20.349390.25872483391.597
2-2.0580.285320.25675082195.25
2.058-2.1210.298410.27272679296.843
2.121-2.190.341390.24672677598.71
2.19-2.2670.216330.24768773298.361
2.267-2.3520.332330.24569973399.864
2.352-2.4470.276260.241644670100
2.447-2.5560.223270.256659686100
2.556-2.680.252270.248617644100
2.68-2.8230.301230.268582605100
2.823-2.9930.298240.288542566100
2.993-3.1980.197220.254524546100
3.198-3.4510.213300.207498528100
3.451-3.7760.154260.192448474100
3.776-4.2150.179290.185405434100
4.215-4.8530.255130.176368381100
4.853-5.910.298200.185319339100
5.91-8.220.26120.212264276100
8.22-32.1090.23870.208165172100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3842-0.1802-1.7591.41431.26077.34940.09850.11980.25260.00340.21860.0224-0.2963-0.0822-0.3170.0510.04240.02610.30220.02550.0493-4.24110.613-21.77
23.7652-4.65731.186116.73291.45514.24380.38240.17490.05770.0923-0.6638-0.061-0.299-0.06690.28140.31580.13960.02620.2533-0.01180.1085-4.65411.785-8.486
35.6596-1.87693.745410.1835-5.75047.76180.22811.23880.68521.9729-0.7137-1.01630.2644-0.55960.48560.73340.1048-0.07610.45550.1270.2022-3.4612.296-7.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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