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- PDB-3qlb: Enantiopyochelin outer membrane TonB-dependent transporter from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qlb
タイトルEnantiopyochelin outer membrane TonB-dependent transporter from Pseudomonas fluorescens bound to the ferri-enantiopyochelin
要素Enantio-pyochelin receptor
キーワードMETAL TRANSPORT / Membrane protein / Transport / Ferri-enantiopyochelin / Outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain ...TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / ENANTIO-PYOCHELIN FE(III) / Enantio-pyochelin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Brillet, K. / Noel, S. / Mislin, G.L.A. / Reimmann, C. / Schalk, I.J. / Cobessi, D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Pyochelin enantiomers and their outer-membrane siderophore transporters in fluorescent pseudomonads: structural bases for unique enantiospecific recognition
著者: Brillet, K. / Reimmann, C. / Mislin, G.L.A. / Noel, S. / Rognan, D. / Schalk, I.J. / Cobessi, D.
履歴
登録2011年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enantio-pyochelin receptor
B: Enantio-pyochelin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,0068
ポリマ－163,6732
非ポリマー1,3336
水00
1
A: Enantio-pyochelin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5034
ポリマ－81,8371
非ポリマー6663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Enantio-pyochelin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5034
ポリマ－81,8371
非ポリマー6663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.070, 170.830, 232.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROVALVALAA23 - 57673 - 626
21PROPROVALVALBB23 - 57673 - 626
12ARGARGTRPTRPAA588 - 698638 - 748
22ARGARGTRPTRPBB588 - 698638 - 748

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要素

#1: タンパク質 Enantio-pyochelin receptor / FetA


分子量: 81836.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: fetA / プラスミド: pME7583 / 発現宿主: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: C5I2D9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-EFE / ENANTIO-PYOCHELIN FE(III)


分子量: 378.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14FeN2O3S2
配列の詳細FIVE HISTIDINE RESIDUES ARE PURIFICATION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14% PEG1500, 0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate, 20% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.95024 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double Si [1 1 1] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→48.57 Å / Num. all: 48366 / Num. obs: 48366 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 16.11
反射 シェル解像度: 3.26→3.34 Å / 冗長度: 8.1 % / Num. unique all: 3436 / Rsym value: 0.659 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-NEMOデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BY3

1by3


解像度: 3.26→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 47.764 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 2426 5 %RANDOM
Rwork0.21419 ---
all0.21648 48332 --
obs0.21648 45793 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.99 Å20 Å20 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3----8.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10449 0 80 0 10529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02210770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0791.96514680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.68851339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.29124.023527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.368151682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3671582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6411.56664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.228210704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52534106
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7414.53976
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2631TIGHT POSITIONAL0.270.05
2495LOOSE POSITIONAL0.565
2631TIGHT THERMAL2.040.5
2495LOOSE THERMAL2.4110
LS精密化 シェル解像度: 3.255→3.34 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 151 -
Rwork0.296 3273 -
obs--95.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13430.24540.10151.60490.00340.7831-0.0312-0.0229-0.00050.07860.1364-0.2180.1691-0.1309-0.10520.1929-0.042-0.09540.2320.0290.117848.685-36.1349-5.1081
2-0.0140.2221-0.09451.80480.03461.04080.07550.050.05150.09330.079-0.25140.0772-0.1621-0.15450.05130.0157-0.07460.1554-0.02530.059751.0602-29.3465-7.2741
30.72420.8871-0.64261.45330.04691.380.059-0.05260.0019-0.0269-0.09030.1709-0.03640.05120.03130.1004-0.0073-0.02130.17240.02290.175342.4356-30.529950.1903
40.66660.63510.08380.76970.05951.1945-0.0475-0.01040.1178-0.01690.0920.04280.05040.0371-0.04450.11530.03640.01440.11610.04560.046447.0469-25.054451.9184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2A161 - 698
3X-RAY DIFFRACTION3B23 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4B161 - 698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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