PDB-3ql2: Crystal Structure of Ribonuclease A Variant A4C/D83E/V118C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ql2

タイトル

Crystal Structure of Ribonuclease A Variant A4C/D83E/V118C

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease A / Disulfide Bond / Salt Bridge / Stability / Folding / Proteolysis / Site-Directed Mutagenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Arnold, U. / Schoepfel, M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Significant stabilization of ribonuclease A by additive effects
著者: Arnold, U. / Schopfel, M.

履歴

登録	2011年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ql2.cif.gz	119.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ql2.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ql2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ql2_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ql2_full_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示
XML形式データ	3ql2_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	3ql2_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/3ql2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/3ql2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ql1C 7rsaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rca-d 2w5k-1 1rpf-d 5old-1 1c9v-d 1rnn-d 6pvx-2 3dic-d 6xhd-2 4g8v-1 3d8y-1 3eux-1 1srn-d 1jn4-1 3i7y-d 1w4p-1 1wbu-2 3rat-d 5jml-1 1rnc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (10) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.888, 30.694, 74.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13758.430 Da / 分子数: 2 / 変異: A4C, D83E, V118C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, 25% (w/v) PEG 4000, 10mM calcium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.49→35.08 Å / Num. all: 38664 / Num. obs: 36486 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 22.686 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.49-1.53		0.836	0.502	1.89	3736	2847	1889	0.644	66.4
1.53-1.57		0.638	0.385	2.42	4605	2731	2144	0.486	78.5
1.57-1.62		0.498	0.312	3.07	5641	2711	2452	0.393	90.4
1.62-1.67		0.404	0.268	3.87	6653	2560	2516	0.33	98.3
1.67-1.72		0.358	0.232	4.59	6775	2577	2534	0.286	98.3
1.72-1.78		0.262	0.178	5.9	6514	2439	2410	0.221	98.8
1.78-1.85		0.22	0.146	7.21	6372	2367	2345	0.181	99.1
1.85-1.92		0.159	0.11	9.35	6253	2304	2283	0.136	99.1
1.92-2.01		0.118	0.085	11.64	5941	2152	2137	0.105	99.3
2.01-2.11		0.089	0.068	14.7	5681	2079	2066	0.084	99.4
2.11-2.22		0.068	0.054	17.8	5528	2016	2003	0.066	99.4
2.22-2.36		0.055	0.042	20.89	5267	1911	1895	0.052	99.2
2.36-2.52		0.045	0.036	24.47	4811	1754	1737	0.044	99
2.52-2.72		0.038	0.031	27.9	4572	1672	1659	0.039	99.2
2.72-2.98		0.031	0.028	30.64	4204	1546	1526	0.035	98.7
2.98-3.33		0.024	0.025	35.85	3748	1389	1371	0.031	98.7
3.33-3.85		0.02	0.023	41.23	3339	1252	1228	0.028	98.1
3.85-4.71		0.017	0.021	43.96	2727	1033	1011	0.025	97.9
4.71-6.66		0.017	0.02	43.03	2192	838	822	0.025	98.1
	6.66	0.016	0.018	43.62	1158	486	458	0.023	94.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 43.46 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	37.33 Å
Translation	2.5 Å	37.33 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7RSA

7rsa

解像度: 1.49→31.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.2018 / WR_factor R_work: 0.1634 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8727 / SU B: 3.166 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.0739 / SU R_free: 0.0798 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20913	1825	5 %	RANDOM
R_work	0.16732	-	-	-
all	0.1694	38664	-	-
obs	0.16939	34661	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.93 Å² / B_iso mean: 19.547 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	-0.72 Å²
2-	-	0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→31.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1904	0	10	249	2163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.021	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.244	1.935	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.639	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.36	25.227	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.5	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.671	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.293	1.5	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.027	2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.284	3	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.229	4.5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	95	-
R_work	0.249	1790	-
all	-	1885	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7033	0.0403	-0.1081	0.6097	0.3525	2.3346	0.0401	-0.201	-0.0013	0.087	-0.0064	0.039	0.0491	0.0474	-0.0337	0.0611	-0.0015	0.0286	0.0344	-0.0026	0.1959	10.666	12.489	4.175
2	1.6956	0.0584	0.2431	0.5209	0.1927	1.6151	0.0173	-0.3098	0.0873	-0.0337	0.0203	-0.0558	0.0653	-0.0826	-0.0376	0.0167	-0.0032	0.0359	0.0771	-0.0136	0.1627	30.9	9.749	26.708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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