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- PDB-3qkx: Crystal structure of a TetR-family transcriptional regulator (HI0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qkx
タイトルCrystal structure of a TetR-family transcriptional regulator (HI0893) from Haemophilus influenzae RD at 2.35 A resolution
要素Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0893
キーワードTranscription regulator / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like HI_0893, C-terminal domain / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. ...: / Tetracyclin repressor-like HI_0893, C-terminal domain / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0893
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TetR-family transcriptional regulator (HI0893) from Haemophilus influenzae RD at 2.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0893
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0893
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,70413
ポリマ－44,7762
非ポリマー92811
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.160, 71.160, 159.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEU6AA7 - 88 - 9
21ASPASPLEULEU6BB7 - 88 - 9
12ALAALAGLUGLU4AA9 - 5310 - 54
22ALAALAGLUGLU4BB9 - 5310 - 54
13LEULEUSERSER4AA54 - 10355 - 104
23LEULEUSERSER4BB54 - 10355 - 104
14ASNASNPROPRO2AA104 - 112105 - 113
24ASNASNPROPRO2BB104 - 112105 - 113
15ASNASNILEILE4AA113 - 121114 - 122
25ASNASNILEILE4BB113 - 121114 - 122
16LYSLYSPROPRO6AA122 - 171123 - 172
26LYSLYSPROPRO6BB122 - 171123 - 172
17GLUGLULYSLYS2AA172 - 187173 - 188
27GLUGLULYSLYS2BB172 - 187173 - 188
詳細STATIC LIGHT SCATTERING WITH ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0893 / TetR-family transcriptional regulator


分子量: 22387.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI_0893 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: P44923
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (1-187) WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT (1-187) WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.33
詳細: 1.80 M lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.33, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97954,0.91837,0.97917
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979541
20.918371
30.979171
反射解像度: 2.35→29.56 Å / Num. all: 19028 / Num. obs: 19028 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 63.528 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.013 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.35-2.417.71.61066713921.32299.9
2.41-2.487.71.91057213801.128100
2.48-2.557.72.31025213360.898100
2.55-2.637.73.1985212840.669100
2.63-2.717.73.9963112530.525100
2.71-2.817.75926112050.383100
2.81-2.917.76.9889411600.271100
2.91-3.037.78.3858111150.214100
3.03-3.177.711851511070.155100
3.17-3.327.713.7787410230.117100
3.32-3.57.717.475709830.085100
3.5-3.727.721.572569430.07100
3.72-3.977.725.568358870.06100
3.97-4.297.727.860947930.057100
4.29-4.77.731.258947660.054100
4.7-5.257.730.551806720.051100
5.25-6.077.729.345805980.062100
6.07-7.437.63039175160.069100
7.43-10.517.535.430214010.04999.7
10.51-29.567.236.315392140.04495.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 18.467 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.247
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. THE MODELING OF MSE B65 IN DUAL CONFORMATION IS SUPPORTED BY THE ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP. 6. RESIDUES 166-168 OF CHAIN A WERE NOT MODELED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY IN THIS REGION. 7. ETHYLENE GLYCOL (EDO) AND SULFATE (SO4) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTANT SOLUTIONS HAVE BEEN MODELED INTO THE SOLVENT STRUCTURE. 8. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF THE TLSMD SERVER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 979 5.2 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
obs0.224 18989 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.22 Å2 / Biso mean: 69.5937 Å2 / Biso min: 28.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2912 0 49 47 3008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223117
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9644231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0235139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1815388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.70224.803152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.5515556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5121516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5941.51868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1471.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13522999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82331249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7934.51218
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
147TIGHT POSITIONAL0.320.05
1467MEDIUM POSITIONAL0.70.5
564LOOSE POSITIONAL1.65
147TIGHT THERMAL0.770.5
1467MEDIUM THERMAL0.752
564LOOSE THERMAL1.0810
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 74 -
Rwork0.389 1305 -
all-1379 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.5563-6.98566.01563.8192-4.26457.8458-0.4948-0.956-0.71550.16630.68170.2988-0.2669-0.9354-0.18691.03670.1433-0.06760.31260.04560.166242.11624.05124.697
25.7532-3.8531-1.81496.5805-1.14594.89030.60670.1599-0.0658-0.894-0.2231-0.0727-0.3693-0.1401-0.38360.43690.0080.05320.18160.03380.089257.7611.79437.789
315.9968-11.07192.65877.7067-2.43123.21070.0321-0.4508-0.69230.02980.14660.6124-0.30630.1234-0.17870.28470.0494-0.05730.0858-0.02470.262529.05820.44856.185
46.4283-0.5018-1.96183.01921.20014.0795-0.1604-0.8247-0.48950.06720.0445-0.0913-0.31970.80220.11590.13190.00440.00750.24360.11810.09950.8768.38356.013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3B7 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4B74 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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