PDB-3qk3: Crystal structure of human beta-crystallin B3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qk3

タイトル

Crystal structure of human beta-crystallin B3

要素

Beta-crystallin B3

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / CRYBB3 / crystallin / beta B3 / cataract / eye lens protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Krojer, T. / Gileadi, C. / Cocking, R. / Muniz, J. / Pilka, E. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. ...

履歴

登録	2011年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qk3.cif.gz	233.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qk3.ent.gz	188.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1okiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fd6-d 2o6t-2 5k93-d 5xzi-1 3e99-1 4jeb-1 6qpo-1 4cf6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Beta-crystallin B3

B: Beta-crystallin B3

C: Beta-crystallin B3

ヘテロ分子

65.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.778, 82.627, 63.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-crystallin B3 / Beta-B3 crystallin 分子量: 21452.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYBB3, CRYB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26998
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.5M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→19.63 Å / Num. all: 35273 / Num. obs: 35273 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5073 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OKI

1oki

解像度: 1.95→19.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9544 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1760	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1717	-	-	-
all	0.1734	35273	-	-
obs	0.1734	35273	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0486 Å²	0 Å²	-1.2127 Å²
2-	-	0.7259 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7745 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.231 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4300	0	45	315	4660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4517	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	6126	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2044	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		116	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		665	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4517	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.81
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		522	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5413	4

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.01 Å / Total num. of bins used: 18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	134	4.7 %
R_work	0.2183	2718	-
all	0.219	2852	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1766	1.0615	-0.4042	1.8703	0.5756	1.061	0.0367	-0.2245	-0.1078	0.2526	-0.0191	-0.0731	0.0401	0.0977	-0.0177	-0.0386	0.0025	-0.0153	-0.0617	0.0042	-0.0259	10.9496	1.7641	42.1337
2	0.4728	-0.2674	-1.1359	1.3006	0.9519	-0.2495	-0.0072	0.0575	0.0177	0.0524	0.0087	0.0241	-0.0161	-0.0319	-0.0015	0.0428	0.0461	0.1156	-0.0385	0.0756	0.1538	7.0513	16.6133	25.7519
3	1.7862	0.6385	-0.1001	2.0492	0.3773	1.4231	0.0907	0.0521	0.0697	0.0386	0.0374	-0.0286	-0.1104	0.0818	-0.1281	-0.0224	-0.0187	0.039	-0.0683	-0.0173	-0.0078	23.4834	13.1823	25.1288
4	2.2448	-0.0853	-0.5824	2.3134	-0.5754	2.448	0.0133	0.1574	-0.0694	-0.0866	0.0437	0.0389	0.2111	-0.2043	-0.057	-0.0541	-0.0087	-0.0291	-0.0593	0.0061	-0.0473	10.5048	30.6763	43.1529
5	0.1947	0.0964	0.5922	0	-1.0159	1.5457	0.0133	-0.0371	0.0018	-0.0039	0.0277	0.0293	0.0405	-0.0497	-0.041	0.0103	0.0296	0.0056	0.1434	-0.0656	-0.0051	27.205	40.7426	56.4574
6	1.7071	0.5104	-0.3262	1.2437	-0.1324	1.6145	0.0627	-0.1859	-0.0689	0.006	-0.0052	-0.1064	-0.0394	0.0524	-0.0575	-0.0277	0.0057	0.0016	-0.0284	0.0001	-0.0254	34.5532	33.6235	43.3751
7	5.3769	0.4496	1.1277	1.8609	-0.0871	3.5533	-0.1076	-0.2224	0.4775	0.121	0.0612	0.3008	-0.4337	-0.1113	0.0464	-0.0385	0.0444	0.0072	-0.0855	-0.014	-0.0937	24.4488	15.96	63.9223
8	0.4656	1.445	-0.0623	0.7626	1.8262	-0.0263	-0.0093	-0.0411	-0.0185	-0.0125	0.0008	-0.0004	-0.0153	-0.0442	0.0085	0.0009	-0.047	-0.0696	-0.0429	-0.1508	0.1943	28.0344	-5.3775	57.9329
9	3.555	-0.8081	0.5393	1.2206	-0.2643	1.7747	0.0792	0.5501	-0.4031	-0.0777	-0.1681	0.1369	0.0767	-0.0043	0.0889	-0.1381	0.0126	-0.0034	0.1284	-0.0784	-0.1128	38.7352	3.2676	49.182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 23:107)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 108:114)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 115:198)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 23:107)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 108:114)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 115:198)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN C AND RESID 23:107)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESID 108:114)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 115:198)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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